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- PDB-1pea: AMIDE RECEPTOR/NEGATIVE REGULATOR OF THE AMIDASE OPERON OF PSEUDO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pea
タイトルAMIDE RECEPTOR/NEGATIVE REGULATOR OF THE AMIDASE OPERON OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA (AMIC) COMPLEXED WITH ACETAMIDE
要素AMIDASE OPERON
キーワードBINDING PROTEIN / GENE REGULATOR / RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


amide binding / regulation of amide catabolic process / amino acid transport / kinase activity / phosphorylation
類似検索 - 分子機能
AmiC, periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein domain / Leu/Ile/Val-binding protein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETAMIDE / Aliphatic amidase expression-regulating protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Pearl, L.H. / O'Hara, B.P.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of AmiC: the controller of transcription antitermination in the amidase operon of Pseudomonas aeruginosa.
著者: Pearl, L. / O'Hara, B. / Drew, R. / Wilson, S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Data for the Negative Regulator (Amic) of the Amidase Operon of Pseudomonas Aeruginosa
著者: Wilson, S.A. / Chayen, N.E. / Hemmings, A.M. / Drew, R.E. / Pearl, L.H.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993
タイトル: Antitermination of Amidase Expression in Pseudomonas Aeruginosa is Controlled by a Novel Cytoplasmic Amide-Binding Protein
著者: Wilson, S.A. / Wachira, S.J. / Drew, R.E. / Jones, D. / Pearl, L.H.
履歴
登録1995年11月16日処理サイト: BNL
改定 1.01996年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMIDASE OPERON
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0192
ポリマ－42,9601
非ポリマー591
水2,288127
1
A: AMIDASE OPERON
ヘテロ分子

A: AMIDASE OPERON
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0384
ポリマ－85,9202
非ポリマー1182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)104.960, 104.960, 65.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 AMIDASE OPERON


分子量: 42960.031 Da / 分子数: 1 / 断片: AMIDE RECEPTOR/NEGATIVE REGULATOR / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAC1 / 発現宿主: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: P27017
#2: 化合物 ChemComp-ACM / ACETAMIDE / アセトアミド


分子量: 59.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.65 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 43 %
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: macro-seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112 mg/mlAmiC1drop
26 %(w/v)PEG40001drop
320 mMTris-HCl1drop
4150 mMammonium sulfate1drop

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.882 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.882 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→8 Å / Num. obs: 21687 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.064
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.101

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
MOSFLMデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.1→8 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 -5 %
Rwork0.206 --
obs0.206 20650 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2914 0 4 127 3045
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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