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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pdz | ||||||
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タイトル | X-RAY STRUCTURE AND CATALYTIC MECHANISM OF LOBSTER ENOLASE | ||||||
要素 | ENOLASE | ||||||
キーワード | LYASE (CARBON-OXYGEN) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / glycolytic process / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homarus gammarus (ウミザリガニ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Janin, J. / Duquerroy, S. / Camus, C. / Le Bras, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: X-ray structure and catalytic mechanism of lobster enolase. 著者: Duquerroy, S. / Camus, C. / Janin, J. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Phasing with Mercury at 1 Angstrom Wavelength 著者: Dumas, C. / Duquerroy, S. / Janin, J. #2: ジャーナル: Proteins / 年: 1994 タイトル: Lobster Enolase Crystallized by Serendipity 著者: Duquerroy, S. / Le Bras, G. / Janin, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pdz.cif.gz | 97 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pdz.ent.gz | 74.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pdz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1pdz_validation.pdf.gz | 379.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1pdz_full_validation.pdf.gz | 389 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1pdz_validation.xml.gz | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1pdz_validation.cif.gz | 16.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/1pdz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/1pdz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47124.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homarus gammarus (ウミザリガニ) / 器官: TAIL / 組織: TAIL MUSCLE / 参照: UniProt: P56252, phosphopyruvate hydratase |
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#2: 化合物 | ChemComp-PGA / |
#3: 化合物 | ChemComp-MN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.42 % | |||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 57 % | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.91 Å |
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検出器 | 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年2月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 27950 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.077 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 97010 / Rmerge(I) obs: 0.077 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / % possible obs: 43.1 % / Rmerge(I) obs: 0.393 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 37.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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