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- PDB-1pdh: CRYSTAL STRUCTURE OF P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE RECONSTITUTED ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pdh
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE RECONSTITUTED WITH THE MODIFIED FAD PRESENT IN ALCOHOL OXIDASE FROM METHYLOTROPHIC YEASTS: EVIDENCE FOR AN ARABINOFLAVIN
要素P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NADPH) activity / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase activity / benzoate catabolic process via hydroxylation / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARABINO-FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / P-HYDROXYBENZOIC ACID / p-hydroxybenzoate hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Schreuder, H.A. / Eppink, M.H.M. / Van Berkel, W.J.H.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of p-hydroxybenzoate hydroxylase reconstituted with the modified FAD present in alcohol oxidase from methylotrophic yeasts: evidence for an arabinoflavin.
著者: van Berkel, W.J. / Eppink, M.H. / Schreuder, H.A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of Wild-Type P-Hydroxybenzoate Hydroxylase Complexed with 4-Aminobenzoate, 2,4-Dihydroxybenzoate and 2-Hydroxy-4-Aminobenzoate. Evidence for a Proton Channel and a New ...タイトル: Crystal Structure of Wild-Type P-Hydroxybenzoate Hydroxylase Complexed with 4-Aminobenzoate, 2,4-Dihydroxybenzoate and 2-Hydroxy-4-Aminobenzoate. Evidence for a Proton Channel and a New Binding Mode of the Flavin Ring
著者: Schreuder, H.A. / Mattevi, A. / Obmolova, G. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.J. / Van Der Bolt, F. / Van Berkel, W.J.H.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1992
タイトル: Crystal Structure of the Reduced Form of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase Refine at 2.3 Angstroms Resolution
著者: Schreuder, H.A. / Van Der Laan, J.M. / Swarte, M.B.A. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.J. / Drenth, J.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystal Structure of the P-Hydroxybenzoate Hydroxylase-Substrate Complex Refined at 1.9 Angstroms Resolution
著者: Schreuder, H.A. / Prick, P.A.J. / Wierenga, R.K. / Vriend, G. / Wilson, K.S. / Hol, W.G.J. / Drenth, J.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: Analysis of the Active Site of the Flavoprotein P-Hydroxybenzoate Hydroxylase and Some Ideas with Respect to its Reaction Mechanism
著者: Schreuder, H.A. / Hol, W.G.J. / Drenth, J.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: The Coenzyme Analogue Adenosine 5-Diphosphoribose Displaces the Fad from the Active Site of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase. An X-Ray Crystallographic Investigation
著者: Van Der Laan, J.M. / Schreuder, H.A. / Swarte, M.B.A. / Wierenga, R.K. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.J. / Drenth, J.
#6: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1989
タイトル: The Influence of Purification and Protein Heterogeneity on the Crystallization of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase
著者: Van Der Laan, J.M. / Swarte, M.B.A. / Groendijk, H. / Hol, W.G.J. / Drenth, J.
#7: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Crystal Structure of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase Complexed with its Reaction Product 3,4-Dihydroxybenzoate
著者: Schreuder, H.A. / Van Der Laan, J.M. / Hol, W.G.J. / Drenth, J.
#8: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Molecular Modeling Reveals the Possible Importance of a Carbonyl Oxygen Binding Pocket for the Catalytic Mechanism of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase
著者: Schreuder, H.A. / Hol, W.G.J. / Drenth, J.
#9: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Comparison of the Three-Dimensional Protein and Nucleotide Structure of the Fad-Binding Domain of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase with the Fad-as Well as Nadph-Binding Domains of Glutathione Reductase
著者: Wierenga, R.K. / Drenth, J. / Schultz, G.E.
#10: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: Crystal Structure of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase
著者: Wierenga, R.K. / De Jong, R.J. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.J. / Drenth, J.
#11: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1975
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Investigation of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase from Pseudomonas Fluorescens
著者: Drenth, J. / Hol, W.G.J. / Wierenga, R.K.
履歴
登録1994年12月1日処理サイト: BNL
改定 1.01995年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3043
ポリマ－44,3811
非ポリマー9242
水5,116284
1
A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子

A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6086
ポリマ－88,7612
非ポリマー1,8474
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)72.100, 146.400, 88.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 275

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要素

#1: タンパク質 P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE


分子量: 44380.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 参照: UniProt: P00438, 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FAS / ARABINO-FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2
#3: 化合物 ChemComp-PHB / P-HYDROXYBENZOIC ACID


分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.21 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlenzyme1drop
250 mMpotassium phosphate1drop
350 %satammonium sulfate1reservoir
40.04 mMFAD1reservoir
50.15 mMEDTA1reservoir
60.1 mMreduced glutathione1reservoir
71 mM4-hydroxybenzoate1reservoir
860 mMsodium sulfite1reservoir
950 mMpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.1→8 Å / Num. obs: 26407 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
Num. obs: 26934 / Num. measured all: 102196 / Rmerge(I) obs: 0.069

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.179 / Rfactor obs: 0.179 / 最高解像度: 2.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3098 0 63 284 3445
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 26407
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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