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- PDB-1pcs: THE 2.15 A CRYSTAL STRUCTURE OF A TRIPLE MUTANT PLASTOCYANIN FROM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pcs
タイトルTHE 2.15 A CRYSTAL STRUCTURE OF A TRIPLE MUTANT PLASTOCYANIN FROM THE CYANOBACTERIUM SYNECHOCYSTIS SP. PCC 6803
要素PLASTOCYANIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / PLASTOCYANIN
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transporter, transferring electrons from cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / plasma membrane-derived thylakoid membrane / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Plastocyanin, cyanobacteria / Plastocyanin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like ...Plastocyanin, cyanobacteria / Plastocyanin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Plastocyanin
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Romero, A. / De La Cerda, B. / Varela, P.F. / Navarro, J.A. / Hervas, M. / De La Rosa, M.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: The 2.15 A crystal structure of a triple mutant plastocyanin from the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803.
著者: Romero, A. / De la Cerda, B. / Varela, P.F. / Navarro, J.A. / Hervas, M. / De la Rosa, M.A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Solution Structure of Reduced Plastocyanin from the Blue-Green Alga Anabaena Variabilis
著者: Badsberg, U. / Jorgensen, A.M. / Gesmar, H. / Led, J.J. / Hammerstad, J.M. / Jespersen, L.L. / Ulstrup, J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Structure of Oxidized Poplar Plastocyanin at 1.6 A Resolution
著者: Guss, J.M. / Freeman, H.C.
履歴
登録1997年6月17日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLASTOCYANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3952
ポリマ－10,3321
非ポリマー641
水1,35175
1
A: PLASTOCYANIN
ヘテロ分子

A: PLASTOCYANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7904
ポリマ－20,6632
非ポリマー1272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)34.300, 34.300, 111.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 PLASTOCYANIN


分子量: 10331.574 Da / 分子数: 1 / 変異: A42D, D47P, A63L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH-5A / 参照: UniProt: P21697
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細WHEN SYNECHOCYSTIS PS IS ALIGNED WITH THE AMINO ACID SEQUENCE OF POPLAR PC, THE SEQUENCE OF ...WHEN SYNECHOCYSTIS PS IS ALIGNED WITH THE AMINO ACID SEQUENCE OF POPLAR PC, THE SEQUENCE OF SYNECHOCYSTIS PC HAS TWO ADDITIONAL RESIDUES AT THE N-TERMINAL REGION BUT LACKS THREE AMINO ACIDS IN THE REGION FROM 50 - 61. THUS THE NUMBERING IN SYNECHOCYSTIS PC HAS BEEN CHOSEN IN ACCORDANCE WITH POPLAR PC, WITH THE FIRST TWO RESIDUES NUMBERED AS -2 FOR ALA AND -1 FOR ASN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化pH: 6
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 3.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M NA,K.PHOSPHATE, PH 6.0 WITH A PROTEIN CONCENTRATION OF 10 MG/ML
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
33.2 Mammonium sulfate1reservoir
40.1 Msodium, potassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年4月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→20.3 Å / Num. obs: 4422 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 12.72 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.15→2.25 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Rsym value: 0.074 / % possible all: 98
反射
*PLUS
Num. measured all: 26699 / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98 % / Rmerge(I) obs: 0.074

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(ROTAVATA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PCY

1pcy
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.15→8 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 -12 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.167 4173 91.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 11.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数727 0 1 75 803
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.627
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.08
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.148
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it22
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.52.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.52.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it33
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.3 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 --
Rwork0.174 644 -
obs--94 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAMCSDX.PROTOPHCSD.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLAMTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1F / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 4070
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.08
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.148
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.174

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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