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- PDB-1pcf: HUMAN TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4 C-TERMINAL DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pcf
タイトルHUMAN TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4 C-TERMINAL DOMAIN
要素TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTIONAL COFACTOR / TRANSCRIPTIONAL CO-ACTIVATOR / SSDNA BINDING / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA metabolic process / RNA polymerase II promoter clearance / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / single-stranded DNA binding / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / RNA binding ...negative regulation of DNA metabolic process / RNA polymerase II promoter clearance / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / single-stranded DNA binding / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase II transcriptional coactivator Sub1/Tcp4-like / Transcriptional coactivator p15 (PC4), C-terminal / Transcriptional Coactivator p15 (PC4) / Transcriptional Coactivator Pc4; Chain A / ssDNA-binding transcriptional regulator / Transcriptional Co-activator pc4; Chain A / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Brandsen, J. / Gros, P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: C-terminal domain of transcription cofactor PC4 reveals dimeric ssDNA binding site.
著者: Brandsen, J. / Werten, S. / van der Vliet, P.C. / Meisterernst, M. / Kroon, J. / Gros, P.
履歴
登録1997年9月9日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4
B: TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4
C: TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4
D: TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4
E: TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4
F: TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4
G: TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4
H: TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2728
ポリマ－62,2728
非ポリマー00
水7,819434
1
A: TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4
B: TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5682
ポリマ－15,5682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area8190 Å2
手法PISA
2
C: TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4
D: TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5682
ポリマ－15,5682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area8160 Å2
手法PISA
3
E: TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4
F: TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5682
ポリマ－15,5682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area8180 Å2
手法PISA
4
G: TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4
H: TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5682
ポリマ－15,5682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area8190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.283, 67.814, 67.170
Angle α, β, γ (deg.)87.69, 84.37, 85.79
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.95721, -0.148412, 0.248442), (-0.166878, -0.41831, -0.892843), (0.236434, -0.896097, 0.375644)70.7556, 148.7375, 84.3861
2given(0.96765, -0.200512, -0.15313), (0.14018, -0.077347, 0.9871), (-0.20977, -0.976633, -0.046737)15.0308, -46.0331, 136.974
3given(-0.998872, -0.035171, -0.031883), (-0.022192, 0.939681, -0.341331), (0.041965, -0.340239, -0.939402)99.208, 42.4145, 179.3701
4given(0.98155, -0.013781, -0.190706), (-0.021136, -0.999107, -0.036585), (-0.190031, 0.039941, -0.980965)0.3304, 81.4715, 173.1833
5given(-0.980983, 0.186876, -0.052431), (0.017002, 0.351836, 0.935907), (0.193346, 0.917218, -0.348323)100.7074, -40.3376, 72.3411
6given(0.995407, 0.075178, -0.059274), (-0.059633, 0.002541, -0.998217), (-0.074894, 0.997167, 0.007012)-23.7922, 123.0693, 50.1213
7given(-0.961603, 0.173417, 0.212712), (-0.076437, -0.913627, 0.399303), (0.263585, 0.367712, 0.891802)87.3557, 58.4553, -12.8508

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要素

#1: タンパク質
TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4 / P15


分子量: 7784.024 Da / 分子数: 8 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL21 / プラスミド: BL21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P53999
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化pH: 4.6
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 25% MPD, 200 MM NACL AND 100 MM NAAC BUFFER (PH 4.6)
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
125 %(v/v)MPD12
20.2 M12NaCl
30.1 Msodium acetate12
47-10 mg/mlprotein11
510 mMHEPES11
60.2 M11NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9117
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9117 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→20 Å / Num. obs: 69529 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.74→1.78 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.229 / % possible all: 83.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 177425 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.4 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
CCP4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.74→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 3495 5 %SHELL
Rwork0.197 ---
all-69529 --
obs-69529 93.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.5 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 8 Å / Luzzati sigma a obs: 0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4360 0 0 434 4794
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0280.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0310.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord0.05
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.0353
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.7735
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.7526
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it6.828
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0310.04
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1410.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1760.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2480.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1670.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.17
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor16.415
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor18.920
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15
ソフトウェア
*PLUS
名称: CCP4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.197
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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