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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pc9 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of BnSP-6, a Lys49-Phospholipase A2 | ||||||
![]() | BnSP-6 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Lys49-phospholipase A2 / myotoxin / Bothrops / venom. | ||||||
機能・相同性 | ![]() calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Magro, A.J. / Soares, A.M. / Giglio, J.R. / Fontes, M.R.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of BnSP-7 and BnSP-6, two Lys49-phospholipases A(2): quaternary structure and inhibition mechanism insights. 著者: Magro, A.J. / Soares, A.M. / Giglio, J.R. / Fontes, M.R.M. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of BnSP-6, a Myotoxic Phospholipase A2 from Bothrops neuwiedi Venom 著者: Fontes, M.R.M. / Monteiro, L.E. / Soares, A.M. / Rodrigues, V.M. / da Silva, R.J. / Giglio, J.R. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | sequence An appropriate sequence database reference was not available at the time of processing this structure |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The monomer B is related to monomer A by two fold axis: -x, -y, -z. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13681.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.1 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 6000, ammonium sulphate, sodium cacodilate., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 283 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月4日 |
放射 | モノクロメーター: Mirrors. / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.38 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 9269 / Num. obs: 8429 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 35.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 885 / % possible all: 90.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: BthTX-I (closed form) 解像度: 2.5→26.4 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 40.3 Å2 | ||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å / Luzzati d res low obs: 4 Å / Luzzati sigma a obs: 0.29 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→26.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.043
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