PDB-1pc2: Solution structure of human mitochondria fission protein Fis1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1pc2

タイトル

Solution structure of human mitochondria fission protein Fis1

要素

mitochondria fission protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Mitochondria / Fission

機能・相同性

機能・相同性情報

response to flavonoid / negative regulation of fatty acid transport / negative regulation of ATP metabolic process / response to fluoride / response to hypobaric hypoxia / Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisome fission / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / cellular response to peptide / cellular response to toxic substance ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / Distance geometry, Simulated annealing, Molecular dynamics

データ登録者

Suzuki, M. / Youle, R.J. / Tjandra, N.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: The Solution Structure of Human Mitochondria Fission Protein Fis1 Reveals a Novel TPR-like Helix Bundle
著者: Suzuki, M. / Jeong, S.Y. / Karbowski, M. / Youle, R.J. / Tjandra, N.

履歴

登録	2003年5月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2003年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1pc2.cif.gz	943.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1pc2.ent.gz	790.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1pc2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1pc2_validation.pdf.gz	342 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1pc2_full_validation.pdf.gz	501.8 KB	表示
XML形式データ	1pc2_validation.xml.gz	65.3 KB	表示
CIF形式データ	1pc2_validation.cif.gz	84.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/1pc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/1pc2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1sse-d 5xpd-d 6f1k-d 2ml8-d 3l1f-1 4pyz-2 3tgo-1 5nkq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: mitochondria fission protein

17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	mitochondria fission protein / Fis1 / Similar to CGI-135 protein 分子量: 17229.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Fis1 / プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y3D6

#1: タンパク質

mitochondria fission protein / Fis1 / Similar to CGI-135 protein

分子量: 17229.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Fis1 / プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y3D6

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	2	4D 13C/15N-separated NOESY
1	3	3	4D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1mM Protein U-15N	90% H2O/10% D2O
2	1mM Protein U-15N,13C	90% H2O/10% D2O
3	1mM Protein U-15N,13C	100% D2O

試料状態

イオン強度: 10mM Tris Acetate / pH: 5.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 305 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.5		collection
NMRPipe	2.1		解析
PIPP	4.2.8		データ解析
XPLOR-NIH	2.0.6	C.D.Schwieters,J.J.Kuszewski,N.Tjandra,G.M.Clore	精密化
XPLOR-NIH	2.0.6		構造決定

精密化

手法: Distance geometry, Simulated annealing, Molecular dynamics
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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