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万見
- PDB-1pbu: Solution structure of the C-terminal domain of the human eEF1Bgam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pbu
タイトルSolution structure of the C-terminal domain of the human eEF1Bgamma subunit
要素Elongation factor 1-gamma
キーワードTRANSLATION / ALPHA/BETA
機能・相同性
機能・相同性情報


Eukaryotic Translation Elongation / translational elongation / translation elongation factor activity / response to virus / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / cadherin binding / extracellular exosome / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EF1B, gamma chain, conserved domain / Elongation factor 1B gamma, C-terminal / Elongation factor EF1B gamma, C-terminal domain superfamily / Elongation factor 1 gamma, conserved domain / Elongation factor 1 (EF-1) gamma C-terminal domain profile. / Elongation factor 1 gamma, conserved domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal ...Translation elongation factor EF1B, gamma chain, conserved domain / Elongation factor 1B gamma, C-terminal / Elongation factor EF1B gamma, C-terminal domain superfamily / Elongation factor 1 gamma, conserved domain / Elongation factor 1 (EF-1) gamma C-terminal domain profile. / Elongation factor 1 gamma, conserved domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Elongation factor 1-gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Vanwetswinkel, S. / Kriek, J. / Andersen, G.R. / Guntert, P. / Dijk, J. / Canters, G.W. / Siegal, G.
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2003
タイトル: 1H, (15)N and (13)C resonance assignments of the highly conserved 19 kDa C-terminal domain from human Elongation Factor 1Bgamma.
著者: Vanwetswinkel, S. / Kriek, J. / Andersen, G.R. / Dijk, J. / Siegal, G.
履歴
登録2003年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation factor 1-gamma


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0661
ポリマ－19,0661
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Elongation factor 1-gamma / EF-1-gamma / eEF-1B gamma / PRO1608


分子量: 19066.301 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (residues 276-437) / 変異: V289A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EEF1G OR EF1G / プラスミド: pET16b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P26641

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1223D 15N-separated NOESY
131standard triple resonance experiments
141(H)CCH-TOCSY and CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM eEF1Bgamma[276-437]U-15N,13C, 20mM Tris-HCl pH7.5, 75mM KCl, 1mM DTT, 0.02%NaN3 (w/v)95% H2O/5% D2O
21mM eEF1Bgamma[276-437]U-15N, 20mM Tris-HCl pH7.5, 75mM KCl, 1mM DTT, 0.02%NaN3 (w/v)95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 75mM KCl / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7502
Varian INOVAVarianINOVA8003
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 51350 / % possible obs: 90.9 % / Num. measured all: 192792 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.34 Å / % possible obs: 93.1 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.7

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
NMRPipe2.1Delaglio, F. et al.解析
XEASY1.3.13Xia, T. & Bartels, C.データ解析
CYANA1.06Guentert, P. et al.構造決定
OPALpKoradi, R. et al.精密化
VNMR5.1Variancollection
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 3920 NOE-derived distance constraints
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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