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- PDB-1pag: THE 2.5 ANGSTROMS STRUCTURE OF POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pag
タイトルTHE 2.5 ANGSTROMS STRUCTURE OF POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN
要素POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN
キーワードPROTEIN SYNTHESIS INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / toxin activity / defense response to virus / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Shiga-like toxin, subunit A / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 ...Shiga-like toxin, subunit A / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMYCIN-5'-MONOPHOSPHATE / Antiviral protein I
類似検索 - 構成要素
生物種Phytolacca americana (アメリカヤマゴボウ)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Monzingo, A.F. / Collins, E.J. / Ernst, S.R. / Irvin, J.D. / Robertus, J.D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: The 2.5 A structure of pokeweed antiviral protein.
著者: Monzingo, A.F. / Collins, E.J. / Ernst, S.R. / Irvin, J.D. / Robertus, J.D.
#1: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1977
タイトル: Preliminary X-Ray Diffraction Studies on an Anti-Viral Protein
著者: Robertus, J.D. / Monzingo, A.F. / Irvin, J.D.
履歴
登録1992年10月19日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN
B: POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3774
ポリマ－58,6832
非ポリマー6942
水1,40578
1
A: POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6892
ポリマ－29,3411
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6892
ポリマ－29,3411
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.400, 50.100, 65.200
Angle α, β, γ (deg.)80.00, 113.20, 116.50
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: RESIDUES PRO A 47 AND PRO B 47 ARE CIS PROLINES.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.999686, 0.023567, 0.008488), (0.023933, -0.998656, -0.045971), (0.007393, 0.04616, -0.998907)
ベクター: -1.20003, 37.58563, 62.99108)

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要素

#1: タンパク質 POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN


分子量: 29341.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phytolacca americana (アメリカヤマゴボウ)
参照: UniProt: P10297
#2: 化合物 ChemComp-FMP / FORMYCIN-5'-MONOPHOSPHATE / ホルマイシン5′-りん酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.4 / 手法: batch method
詳細: Robertus, J.D., (1977) Biochem.Biophys.Res.Comm., 74, 775.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
140 mg/mlprotein111
20.05 MTris 11
350 %(w/v)PEG600011

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.2 / Rfactor obs: 0.2 / 最高解像度: 2.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4120 0 46 78 4244
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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