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万見
- PDB-1pa4: Solution structure of a putative ribosome-binding factor from Myc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pa4
タイトルSolution structure of a putative ribosome-binding factor from Mycoplasma pneumoniae (MPN156)
要素Probable ribosome-binding factor A
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Ribosome-binding Factor / Distant Homology / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit binding / maturation of SSU-rRNA / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosome-binding factor A, conserved site / Ribosome-binding factor A signature. / Ribosome-binding factor A / Ribosome-binding factor A domain superfamily / Ribosome-binding factor A / K homology (KH) domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / K homology domain-like, alpha/beta / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome-binding factor A
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasma pneumoniae (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Rubin, S.M. / Pelton, J.G. / Yokota, H. / Kim, R. / Wemmer, D.E. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用
ジャーナル: J.STRUCT.FUNCT.GENOM. / 年: 2003
タイトル: Solution structure of a putative ribosome binding protein from Mycoplasma pneumoniae and comparison to a distant homolog.
著者: Rubin, S.M. / Pelton, J.G. / Yokota, H. / Kim, R. / Wemmer, D.E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Solution NMR Structure of Ribosome-binding Factor A (RbfA), a Cold-shock Adaptation Protein from Escherichia Coli
著者: Huang, Y.J. / Swapna, G.V. / Rajan, P.K. / Ke, H. / Xia, B. / Shukla, K. / Inouye, M. / Montelione, G.T.
履歴
登録2003年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ribosome-binding factor A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4141
ポリマ－13,4141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / 200Submitted conformers are those with lowest DYANA target functions.
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Probable ribosome-binding factor A


分子量: 13413.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycoplasma pneumoniae (バクテリア)
遺伝子: MPN156 / プラスミド: pSKB3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P75589

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1224D 13C-separated NOESY
1324D 13C/15N-separated NOESY
142HNHA
151H/D Exchange
NMR実験の詳細Text: Deposited structures include residues 6-101

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1~1 mM MPN156 U-15N25mM Sodium Phosphate 1 mM DTT 1 mM EDTA 10% D2O
2~1 mM MPN156 U-15N,U-13C25mM Sodium Phosphate 1 mM DTT 1 mM EDTA 10% D2O
試料状態イオン強度: 50 mM NaCl / pH: 6.6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe1Delaglio解析
NMRView5.0.4Johnsonデータ解析
DYANA1.5Guntert精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Refinement details can be found in the primary citation above.
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Submitted conformers are those with lowest DYANA target functions.
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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