ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | HKL-2000 | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | PHASES | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→30.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.308 | 1544 | 9.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.275 | - | - | - |
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all | 0.315 | 20949 | - | - |
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obs | 0.275 | 15664 | 74.8 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.1812 Å2 / ksol: 0.331851 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 38.6 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.5 Å | 0.43 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.51 Å | 0.46 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30.92 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2542 | 0 | 10 | 55 | 2607 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.009 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.6 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d24.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.99 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it5.04 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it7.53 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it8.46 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it9.54 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.374 | 126 | 10.4 % |
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Rwork | 0.333 | 1085 | - |
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obs | - | 1085 | 35.5 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAMION.TOP | | | | | |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 15665 / Num. reflection Rfree: 1545 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg24.3 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.99 | | | | |
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