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- PDB-1p9g: Crystal structure of a novel antifungal protein distinct with fiv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p9g
タイトルCrystal structure of a novel antifungal protein distinct with five disulfide bridges from Ecommia ulmoides Oliver at atomic resolution
要素EAFP 2
キーワードANTIFUNGAL PROTEIN / ANTIFUNGAL PEPTIDE / ATOMIC RESOLUTION
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin binding / defense response to fungus / killing of cells of another organism
類似検索 - 分子機能
Endochitinase-like / Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition or binding domain signature. / Chitin-binding type-1 domain profile. / Chitin binding domain / Chitin-binding, type 1 / Endochitinase-like superfamily / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Antifungal peptide 2
類似検索 - 構成要素
生物種Eucommia ulmoides (トチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.84 Å
データ登録者Xiang, Y. / Huang, R.H. / Liu, X.Z. / Wang, D.C.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of a novel antifungal protein distinct with five disulfide bridges from Eucommia ulmoides Oliver at an atomic resolution.
著者: Xiang, Y. / Huang, R.H. / Liu, X.Z. / Zhang, Y. / Wang, D.C.
履歴
登録2003年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999It appears that this protein sequence has not been deposited in the sequence database.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EAFP 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2913
ポリマ－4,1731
非ポリマー1182
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)19.011, 23.178, 30.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド EAFP 2


分子量: 4172.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Eucommia ulmoides (トチュウ) / 組織: tree bark / 参照: UniProt: P83597
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: SODIUM ACETATE, ISO-PROPANOL, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月12日
放射モノクロメーター: Silicon (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.84→100 Å / Num. all: 22113 / Num. obs: 22113 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 0.84→0.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / % possible all: 70.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.84→100 Å / Num. parameters: 3401 / Num. restraintsaints: 3876 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0
StereochEM target val spec case: CSD L-PYROGLUTAMIC ACID DATA FOR PCA
立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 5%
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.0794 885 4 %RANDOM
Rwork0.0684 ---
all0.0684 22113 --
obs0.0684 -86.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 7 / Occupancy sum hydrogen: 249 / Occupancy sum non hydrogen: 345.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.84→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数585 0 8 64 657
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0329
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.15
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.142
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
0.84-0.870.105X-RAY DIFFRACTION162467.41
0.87-0.90.089X-RAY DIFFRACTION149170.76
0.9-10.066X-RAY DIFFRACTION406476.2
1-1.20.052X-RAY DIFFRACTION515985.44
1.2-1.50.05X-RAY DIFFRACTION381993.76
1.5-300.077X-RAY DIFFRACTION410594.37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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