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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p8n | ||||||
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タイトル | Structural and Functional Importance of First-Shell Metal Ligands in the Binuclear Manganese Cluster of Arginase I. | ||||||
![]() | Arginase 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / UREA CYCLE / ARGININE METABOLISM / BINUCLEAR MANGANESE CLUSTER | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of L-arginine import across plasma membrane / Urea cycle / collagen biosynthetic process / arginine metabolic process / mammary gland involution / positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / response to selenium ion / arginase / arginase activity ...regulation of L-arginine import across plasma membrane / Urea cycle / collagen biosynthetic process / arginine metabolic process / mammary gland involution / positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / response to selenium ion / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / response to methylmercury / response to vitamin A / response to herbicide / response to steroid hormone / response to manganese ion / Neutrophil degranulation / response to zinc ion / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / cellular response to glucagon stimulus / defense response to protozoan / response to amine / negative regulation of activated T cell proliferation / response to axon injury / response to vitamin E / response to amino acid / maternal process involved in female pregnancy / cellular response to interleukin-4 / response to cadmium ion / negative regulation of T cell proliferation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / cellular response to dexamethasone stimulus / liver development / female pregnancy / lung development / response to peptide hormone / cellular response to hydrogen peroxide / manganese ion binding / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / response to xenobiotic stimulus / innate immune response / neuronal cell body / extracellular space / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cama, E. / Emig, F.A. / Ash, D.E. / Christianson, D.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and functional importance of first-shell metal ligands in the binuclear manganese cluster of arginase I 著者: Cama, E. / Emig, F.A. / Ash, D.E. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 186.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 148.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 398.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 428.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33990.855 Da / 分子数: 3 / 断片: Arginase I / 変異: D232A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.25 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 8000, Bicine, Manganese Chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月9日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Rh-coated Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.916 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 20147 / Num. obs: 19140 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.066 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.411 / Num. unique all: 1971 / % possible all: 98.3 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.3 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1RLA 解像度: 2.9→29.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME OTHER REFINEMENT REMARKS: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.4624 Å2 / ksol: 0.276233 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 84.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.57 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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