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- PDB-1p8k: The structure and DNA recognition of a bifunctional homing endonu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p8k
タイトルThe structure and DNA recognition of a bifunctional homing endonuclease and group I intron splicing factor
要素
  • 5'-D(P*CP*CP*TP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*T)-3'
  • 5'-D(P*GP*CP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*TP*TP*TP*C)-3'
  • 5'-D(P*GP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*A)-3'
  • 5'-D(P*TP*CP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*A)-3'
  • Intron-encoded endonuclease I-AniI
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


intron homing / RNA splicing / mRNA processing / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
LAGLIDADG endonuclease / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / : / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. ...LAGLIDADG endonuclease / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / : / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Intron-encoded DNA endonuclease I-AniI
類似検索 - 構成要素
生物種Emericella nidulans (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Stoddard, B.L. / Bolduc, J.M.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2003
タイトル: Structural and biochemical analyses of DNA and RNA binding by a bifunctional homing endonuclease and group I intron splicing factor.
著者: Bolduc, J.M. / Spiegel, P.C. / Chatterjee, P. / Brady, K.L. / Downing, M.E. / Caprara, M.G. / Waring, R.B. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2003年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE The author claims that Arg61 is correct.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(P*GP*CP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*TP*TP*TP*C)-3'
B: 5'-D(P*TP*CP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*A)-3'
C: 5'-D(P*GP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*A)-3'
D: 5'-D(P*CP*CP*TP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*T)-3'
Z: Intron-encoded endonuclease I-AniI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6417
ポリマ－48,5925
非ポリマー492
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.462, 72.841, 65.231
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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DNA鎖 , 4種, 4分子 ABCD

#1: DNA鎖 5'-D(P*GP*CP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*TP*TP*TP*C)-3'


分子量: 5588.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(P*TP*CP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*A)-3'


分子量: 3975.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(P*GP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*A)-3'


分子量: 4931.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 5'-D(P*CP*CP*TP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*T)-3'


分子量: 4481.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 3分子 Z

#5: タンパク質 Intron-encoded endonuclease I-AniI / mRNA maturase BI1 / COB intron protein


分子量: 29615.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Emericella nidulans (カビ) / 遺伝子: Aspergillus nidulans / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03880, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG3350, KCl, MgCl2, sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG3350,11
2KCl11
3MgCl211
4sodium citrate11
5KCl12
6MgCl212
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
15 mg/mlprotein1drop
2100 mM1reservoirKCl
320 mM1reservoirMgCl2
450 mMsodium citrate1reservoirpH5.0
516-22 %PEG33501reservoir
61

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月21日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 40.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.21 / % possible all: 61.8
反射
*PLUS
Num. obs: 16749 / 冗長度: 12.7 % / Num. measured all: 58621 / Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 66.2 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 3.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.264 2630 random
Rwork0.239 --
all0.247 29474 -
obs0.247 27760 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.46 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.86 Å0.75 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2085 1275 2 0 3362
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.48 302 -
Rwork0.45 --
obs--61.8 %
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.262 / Rfactor Rwork: 0.238
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.933

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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