[日本語] English
万見
- PDB-1p8b: SOLUTION STRUCTURE OF PA1B, A 37-AMINO ACID INSECTICIDAL PROTEIN ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p8b
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF PA1B, A 37-AMINO ACID INSECTICIDAL PROTEIN EXTRACTED FROM PEA SEEDS (PISUM SATIVUM)
要素Pea Albumin 1, subunit b
キーワードPLANT PROTEIN / inhibitor cystine-knot
機能・相同性Albumin I / Albumin I chain b / Albumin I chain a / Albumin I chain a / nutrient reservoir activity / toxin activity / Albumin-1 B / Albumin-1 F
機能・相同性情報
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法溶液NMR / Torsion angle simulated annealing, molecular dynamics in explicit solvent
データ登録者Jouvensal, L. / Quillien, L. / Ferrasson, E. / Rahbe, Y. / Gueguen, J. / Vovelle, F.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: PA1b, an insecticidal protein extracted from pea seeds (Pisum sativum): 1H-2-D NMR study and molecular modeling
著者: Jouvensal, L. / Quillien, L. / Ferrasson, E. / Rahbe, Y. / Gueguen, J. / Vovelle, F.
#1: ジャーナル: EUR.J.BIOCHEM. / 年: 2003
タイトル: Characterization of a high affinity binding site for the pea albumin 1b entomotoxin in the weevil Sitophilus
著者: Gressent, F. / Rahioui, I. / Rahbe, Y.
#2: ジャーナル: Patent / 年: 1999
タイトル: Use of a polypeptide derived from a PA1b legume albumen as insecticide
著者: Delobel, B. / Grenier, A.M. / Gueguen, J. / Ferrasson, E. / Mbaiguinam, M.
履歴
登録2003年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_patent
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pea Albumin 1, subunit b


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7491
ポリマ－3,7491
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Pea Albumin 1, subunit b / PA1b / Albumin A1b / Leginsulin


分子量: 3749.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: isolated from pea seeds / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 株: cv. Frilene / 参照: UniProt: P62927, UniProt: P62931*PLUS
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細内容: 2.1mM PA1b; 0.02% NaN3; 50% H2O, 50% TFE-d2 / 溶媒系: 50% H20, 50% TFE-d2
試料状態pH: 4.8 / 圧: ambient / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.1Delaglio解析
XEASY6001Bartelsデータ解析
CNS1.1Brunger構造決定
ARIA1.1Linge構造決定
ARIA1.1Linge精密化
精密化手法: Torsion angle simulated annealing, molecular dynamics in explicit solvent
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 858 NOE-derived distance restraints, 15 dihedral angle restraints and 7 hydrogen bond restraints
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る