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- PDB-1p7g: Crystal structure of superoxide dismutase from Pyrobaculum aerophilum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p7g
タイトルCrystal structure of superoxide dismutase from Pyrobaculum aerophilum
要素Superoxide dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALPHA-BETA
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain ...: / Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / BETA-MERCAPTOETHANOL / Superoxide dismutase [Fe]
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrobaculum aerophilum (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lee, S. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structure of superoxide dismutase from Pyrobaculum aerophilum presents a challenging case in molecular replacement with multiple molecules, pseudo-symmetry and twinning.
著者: Lee, S. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.
履歴
登録2003年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase
B: Superoxide dismutase
C: Superoxide dismutase
D: Superoxide dismutase
E: Superoxide dismutase
F: Superoxide dismutase
G: Superoxide dismutase
H: Superoxide dismutase
I: Superoxide dismutase
J: Superoxide dismutase
K: Superoxide dismutase
L: Superoxide dismutase
M: Superoxide dismutase
N: Superoxide dismutase
O: Superoxide dismutase
P: Superoxide dismutase
Q: Superoxide dismutase
R: Superoxide dismutase
S: Superoxide dismutase
T: Superoxide dismutase
U: Superoxide dismutase
V: Superoxide dismutase
W: Superoxide dismutase
X: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)617,70155
ポリマ－615,64224
非ポリマー2,05931
水45,6862536
1
A: Superoxide dismutase
B: Superoxide dismutase
C: Superoxide dismutase
D: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,8818
ポリマ－102,6074
非ポリマー2744
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17090 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area25170 Å2
手法PISA
2
E: Superoxide dismutase
F: Superoxide dismutase
G: Superoxide dismutase
H: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,9409
ポリマ－102,6074
非ポリマー3335
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17440 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area25510 Å2
手法PISA
3
I: Superoxide dismutase
J: Superoxide dismutase
K: Superoxide dismutase
L: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,8818
ポリマ－102,6074
非ポリマー2744
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17170 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area25420 Å2
手法PISA
4
M: Superoxide dismutase
N: Superoxide dismutase
O: Superoxide dismutase
P: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,99910
ポリマ－102,6074
非ポリマー3926
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17470 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area25460 Å2
手法PISA
5
Q: Superoxide dismutase
R: Superoxide dismutase
S: Superoxide dismutase
T: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,99910
ポリマ－102,6074
非ポリマー3926
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17470 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area25390 Å2
手法PISA
6
U: Superoxide dismutase
V: Superoxide dismutase
W: Superoxide dismutase
X: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,99910
ポリマ－102,6074
非ポリマー3926
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17680 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area25070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.429, 163.429, 172.169
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
詳細The biological assembly is a tetramer. There are six tetramers in the asymmetric unit.

-
要素

#1: タンパク質 ...
Superoxide dismutase


分子量: 25651.740 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 遺伝子: SOD OR PAE0274 / プラスミド: pQE-30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O93724, superoxide dismutase
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3000, calcium acetate, hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110-15 %(v/v)PEG30001reservoir
20.1 MHEPES1reservoirpH7.5
30.15 Mcalcium acetate1reservoir
422 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9785, 0.9708, 0.9787, 0.9863
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月11日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97851
20.97081
30.97871
40.98631
反射解像度: 1.8→36.51 Å / Num. all: 476704 / Num. obs: 465126 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 39384 / % possible all: 82.6
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 36.4 Å / Num. measured all: 2013670
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.6 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
GLRF位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SSS

1sss
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.8→36.45 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Partial twinning incorporated with the twinning fraction being 0.463.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 37229 -RANDOM
Rwork0.162 ---
all0.162 476704 --
obs0.162 460759 96.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.329 Å2-0.717 Å20 Å2
2--0.329 Å20 Å2
3----0.659 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数41127 0 124 2536 43787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 3093 -
Rwork0.243 --
obs-36629 82.6 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.86
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.263 / Rfactor Rwork: 0.241

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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