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- PDB-1p7b: Crystal structure of an inward rectifier potassium channel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p7b
タイトルCrystal structure of an inward rectifier potassium channel
要素integral membrane channel and cytosolic domains
キーワードMETAL TRANSPORT / transmembrane helices / ion conduction / immunoglobulin fold / cytosolic assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


inward rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Immunoglobulin E-set ...G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Inward rectifier potassium channel
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Kuo, A. / Gulbis, J.M. / Antcliff, J.F. / Rahman, T. / Lowe, E.D. / Zimmer, J. / Cuthbertson, J. / Ashcroft, F.M. / Ezaki, T. / Doyle, D.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the potassium channel KirBac1.1 in the closed state.
著者: Kuo, A. / Gulbis, J.M. / Antcliff, J.F. / Rahman, T. / Lowe, E.D. / Zimmer, J. / Cuthbertson, J. / Ashcroft, F.M. / Ezaki, T. / Doyle, D.A.
履歴
登録2003年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999This protein has not been submitted to a major sequence database

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: integral membrane channel and cytosolic domains
B: integral membrane channel and cytosolic domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5116
ポリマ－74,3552
非ポリマー1564
水1267
1
A: integral membrane channel and cytosolic domains
B: integral membrane channel and cytosolic domains
ヘテロ分子

A: integral membrane channel and cytosolic domains
B: integral membrane channel and cytosolic domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,02312
ポリマ－148,7104
非ポリマー3138
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area17390 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area47530 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.840, 105.620, 258.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

K

21A-403-

K

31A-404-

K

41B-401-

K

詳細The asymmetric unit contains a homodimer (chains A and B). The biological assembly is a homotetramer. To generate the tetramer from the asymmetric unit apply the operator (1-x,1-y,z) to A and B..

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要素

#1: タンパク質 integral membrane channel and cytosolic domains


分子量: 37177.488 Da / 分子数: 2
断片: potassium channel, c-terminal domain related to girk
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
遺伝子: chromosome 1 kirbac1.1 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) star / 参照: UniProt: P83698
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: PEG-400, Magnesium Acetate, Glycine, Hega-10, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mMTris-HCl1droppH8.0
250 mM1dropKCl
30.05 mMTris-DM1drop
49-12 mg/mlprotein1drop
520-22 %PEG4001reservoir
650-100 mMmagnesium acetate1reservoiror MgCl2
70.1 Mglycine1reservoirpH9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月3日
放射モノクロメーター: n.a. / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.65→20 Å / Num. all: 14459 / Num. obs: 14455 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 74.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 3.65→3.85 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 2083 / % possible all: 99.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 87944
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXS位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
RAVEモデル構築
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
直接法位相決定
RAVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.65→7.5 Å / 交差検証法: Throughout the refinement. / σ(F): -3 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Minimization with a maximum likelihood target applied iteratively between model-building cycles. Low temperature simulated annealing protocols with torsion angle refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.329 638 -5 % of reflections were selected in thin resolution shells
Rwork0.295 ---
all0.297 12777 --
obs0.297 12773 100 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--33.184 Å20 Å20 Å2
2---16.813 Å20 Å2
3---49.996 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.65→7.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4048 0 4 7 4059
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.5
LS精密化 シェル解像度: 3.65→3.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.037
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 116 -
Rwork0.348 --
obs-1980 100 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 7.5 Å / σ(F): -3 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.295
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.399 / Rfactor Rwork: 0.348

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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