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- PDB-1p71: Anabaena HU-DNA corcrystal structure (TR3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p71
タイトルAnabaena HU-DNA corcrystal structure (TR3)
要素
  • 5'-D(*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3'
  • DNA-binding protein HU
キーワードDNA Binding Protein/DNA / protein-DNA complex / DNA bending / HU / DNA Binding Protein-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


heterocyst development / chromosome condensation / structural constituent of chromatin / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
HU Protein; Chain A / IHF-like DNA-binding proteins / Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-binding protein HU
類似検索 - 構成要素
生物種Anabaena sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Swinger, K.S. / Lemberg, K.M. / Zhang, Y. / Rice, P.A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Flexible DNA bending in HU-DNA cocrystal structures
著者: Swinger, K.S. / Lemberg, K.M. / Zhang, Y. / Rice, P.A.
履歴
登録2003年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3'
D: 5'-D(*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3'
A: DNA-binding protein HU
B: DNA-binding protein HU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9374
ポリマ－32,9374
非ポリマー00
水3,531196
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.441, 93.062, 100.342
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The assymetric unit contains one functional complex composed of a protein homodimer and duplex DNA.

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3'


分子量: 6379.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized DNA
#2: タンパク質 DNA-binding protein HU


分子量: 10089.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena sp. (バクテリア) / 遺伝子: HUP OR HANA OR ASR3935 / プラスミド: pET21a (pETAHU) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RJ1878 lacks functional HU genes / 参照: UniProt: P05514
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Peg 5000 monomethyl ether, glycerol, tris, jeffamine, potassium chloride, calcium chloride, sodium azide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Peg 500011
2monomethyl ether11
3glycerol11
4tris11
5jeffamine11
6potassium chloride11
7calcium chloride11
8odium azide11
9H2O11
10Peg 500012
11glycerol12
12potassium chlorid12
13calcium chloride12
14sodium azide12
15H2O12
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
150 mM1reservoirKCl
210 %glycerol1reservoir
350 mMTris1reservoirpH7.5 or pH8.0
40.02 %1reservoirNaN3
51 %Jaffamine1reservoirpH7.0
612-22.5 %PEG5000 MME1reservoir
720 mM1reservoirCaCl2
81
91
101
111
121
131
141
151

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月11日
放射モノクロメーター: Ge 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→100 Å / Num. all: 20602 / Num. obs: 20602 / % possible obs: 72.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.041
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / % possible all: 20.9
反射
*PLUS
最低解像度: 100 Å / Rmerge(I) obs: 0.04

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B8Z with nonidentical sidechains pruned back to a common atom

1b8z


解像度: 1.9→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 7.985 / SU ML: 0.21 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.224
詳細: Data are anisotropic with limits 1.9 X 2.5 x 2.0. Data were truncated to an ellipsoid and reflections with an average (I/sigI) ratio less than 2 were removed. The completeness above is ...詳細: Data are anisotropic with limits 1.9 X 2.5 x 2.0. Data were truncated to an ellipsoid and reflections with an average (I/sigI) ratio less than 2 were removed. The completeness above is underestimated. When truncation is factored in, data in refinement are 91% complete. The following residues in chain A and B have some sidechain atoms with 0.00 occupancy: A3, A12, A13, A18, A19, A34, A45, A59, B3, B12, B18, B59, B67, B83, B84.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28788 941 4.8 %RANDOM
Rwork0.24415 ---
obs0.24637 18562 68.62 %-
all-28420 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.952 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.57 Å20 Å20 Å2
2--5.48 Å20 Å2
3----3.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1408 791 0 196 2395
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0212255
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7452.4063208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2195185
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021411
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2904
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2620.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0780.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4831.5932
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.89621483
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.72531323
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7324.51725
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.002 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.217 19
Rwork0.293 401
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.33120.2406-0.2922.7825-0.21284.7185-0.0765-1.156-0.17180.2933-0.0357-0.04980.1270.06470.11220.04430.06770.00930.3970.09370.111918.787915.777787.9444
21.4165-3.24310.83477.7895-6.17358.90280.1165-0.07550.1032-0.0865-0.4459-0.0616-0.49460.55980.32940.094-0.0058-0.04770.1147-0.00810.129831.742228.832464.7368
32.2568-2.4381-1.46863.95753.57611.136-0.06090.0422-0.0731-0.3550.1086-0.09110.109-0.4437-0.04770.0708-0.06890.0370.08660.01270.14076.469213.572562.3901
41.93113.75490.8246.9071.70331.52560.2673-0.4445-0.03060.4449-0.29270.05180.3689-0.15410.02540.3718-0.0653-0.01380.0556-0.02630.270818.882821.348963.82
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC1 - 521 - 52
2X-RAY DIFFRACTION1BD1 - 521 - 52
3X-RAY DIFFRACTION1AC77 - 9477 - 94
4X-RAY DIFFRACTION1BD77 - 9377 - 93
5X-RAY DIFFRACTION2AC53 - 7653 - 76
6X-RAY DIFFRACTION3BD53 - 7653 - 76
7X-RAY DIFFRACTION4CA1 - 201 - 20
8X-RAY DIFFRACTION4DB1 - 201 - 20
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.288 / Rfactor Rwork: 0.244
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.745

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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