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万見
- PDB-1p6q: NMR Structure of the Response regulator CheY2 from Sinorhizobium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p6q
タイトルNMR Structure of the Response regulator CheY2 from Sinorhizobium meliloti, complexed with Mg++
要素CheY2
キーワードSIGNALING PROTEIN / CheY2 / Chemotaxis / Sinorhizobium meliloti / Signal transduction / Response regulator / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system
類似検索 - 分子機能
Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsTOTAL NUMBER OF NOES USED FOR THE CALCULATION: 1598, NUMBER OF INTRA-RESIDUE NOES USED FOR THE ...TOTAL NUMBER OF NOES USED FOR THE CALCULATION: 1598, NUMBER OF INTRA-RESIDUE NOES USED FOR THE CALCULATION: 796, NUMBER OF SEQUENTIAL NOES USED FOR THE CALCULATION: 437, NUMBER OF MEDIUM RANGE NOES USED FOR THE CALCULATION: 179, NUMBER OF LONG RANGE (I,J, J > I+4) NOES USED FOR THE CALCULATION: 186, NUMBER OF DIHEDRAL ANGLES RESTRAINTS USED FOR THE CALCULATION: 52, NUMBER OF HYDROGEN BOND RESTRAINTS USED FOR THE CALCULATION: 5, MINIMAL TARGET FUNCTION WAS 2.80, MEAN TARGET FUNCTION OF 16 STRUCTURES WAS 3.00 (+-0.4), THE NUMBER OF NOE VIOLATIONS > 0.02 NM WAS 3 (+-1), THE NUMBER OF NOE VIOLATIONS > 0.03 NM WAS 0, THE NUMBER OF DIHEDRAL ANGLES VIOLATIONS > 10 DEGREES WAS 0, RMSDS BACK BONE (6-124): 0.042 (+-0.015) NM, RMSDS ALL HEAVY ATOMS (6-124): 0.098 (+-0.016)NM
データ登録者Riepl, H. / Scharf, B. / Maurer, T. / Schmitt, R. / Kalbitzer, H.R. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Solution structures of the inactive and BeF3-activated response regulator CheY2.
著者: Riepl, H. / Scharf, B. / Schmitt, R. / Kalbitzer, H.R. / Maurer, T.
履歴
登録2003年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CheY2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7251
ポリマ－13,7251
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / 250target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 CheY2


分子量: 13725.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / プラスミド: pTYB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q52884

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1313D 15N-separated NOESY
171HNCA
181HNCO
191HN(CO)CA
1101CBCA(CO)CA
1111HBHA(CO)NH
1121(H)CCH-TOCSY
1131CC(CO)NH
NMR実験の詳細Text: TOTAL NUMBER OF NOES USED FOR THE CALCULATION: 1598, NUMBER OF INTRA-RESIDUE NOES USED FOR THE CALCULATION: 796, NUMBER OF SEQUENTIAL NOES USED FOR THE CALCULATION: 437, NUMBER OF MEDIUM RANGE ...Text: TOTAL NUMBER OF NOES USED FOR THE CALCULATION: 1598, NUMBER OF INTRA-RESIDUE NOES USED FOR THE CALCULATION: 796, NUMBER OF SEQUENTIAL NOES USED FOR THE CALCULATION: 437, NUMBER OF MEDIUM RANGE NOES USED FOR THE CALCULATION: 179, NUMBER OF LONG RANGE (I,J, J > I+4) NOES USED FOR THE CALCULATION: 186, NUMBER OF DIHEDRAL ANGLES RESTRAINTS USED FOR THE CALCULATION: 52, NUMBER OF HYDROGEN BOND RESTRAINTS USED FOR THE CALCULATION: 5, MINIMAL TARGET FUNCTION WAS 2.80, MEAN TARGET FUNCTION OF 16 STRUCTURES WAS 3.00 (+-0.4), THE NUMBER OF NOE VIOLATIONS > 0.02 NM WAS 3 (+-1), THE NUMBER OF NOE VIOLATIONS > 0.03 NM WAS 0, THE NUMBER OF DIHEDRAL ANGLES VIOLATIONS > 10 DEGREES WAS 0, RMSDS BACK BONE (6-124): 0.042 (+-0.015) NM, RMSDS ALL HEAVY ATOMS (6-124): 0.098 (+-0.016)NM

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試料調製

詳細内容: 1mM CheY2, 1MM TRIS-HCL, 5MM MGCL2 / 溶媒系: 5mM MgCl2, 20mM Tris/HCl
試料状態pH: 6.83 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.5Bruker解析
AURELIA2.7.9Brukerデータ解析
DYANA1.5Guentert構造決定
DYANA1.5Guentert精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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