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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p54 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Effect of Sequence on the Conformational Geometry of DNA Holliday Junctions | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / DNA Holliday Junction / Four-Way Junction / stacked-X junction / brominated uracil | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Hays, F.A. / Vargason, J.M. / Ho, P.S. | ![]() ![]() タイトル: Effect of Sequence on the Conformation of DNA Holliday Junctions 著者: Hays, F.A. / Vargason, J.M. / Ho, P.S. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 23.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 14.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 388.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 389.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of two chains A and B. The full four stranded Holliday junction structure can be generated by the following: matrix = (-1.00000 0.00001 0.00000) (0.00001 1.00000 -0.00002) (0.00000 -0.00002 -1.00000) translation = (0.00022 0.00018 -0.00034) |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3109.874 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: DNA was synthesized on an Applied Biosystems DNA synthesizer using phosphoramidite chemistry, with the trityl-protecting group left intact at the 5-terminal nucleotide, FOR SUBSEQUENT HPLC ...詳細: DNA was synthesized on an Applied Biosystems DNA synthesizer using phosphoramidite chemistry, with the trityl-protecting group left intact at the 5-terminal nucleotide, FOR SUBSEQUENT HPLC PURIFICATION, THEN DEPROTECTED BY TREATMENT WITH 3% ACETIC ACID FOR FIFTEEN MINUTES, NEUTRALIZED WITH AMMONIUM HYDROXIDE, AND DESALTED ON A SIGMA G-25 SEPHADEX COLUMN. #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.87 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 7.5 詳細: 0.6mM DNA, 5mM Tris-HCL, 120mM calcium acetate, 16% 2-methyl-2,4-pentane diol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 7.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年12月19日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→19.18 Å / Num. obs: 4177 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 4.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 4.05 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.189 / % possible all: 34.9 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 4011 / Num. measured all: 13013 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 34.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1L6B USED FOR INITIAL SOLUTION VIA MOLECULAR REPLACEMENT 解像度: 1.9→19.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 9.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.041 / Total num. of bins used: 6
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.243 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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