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- PDB-1p54: Effect of Sequence on the Conformational Geometry of DNA Holliday... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p54
タイトルEffect of Sequence on the Conformational Geometry of DNA Holliday Junctions
要素5'-D(*CP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*(BRU)P*GP*G)-3'
キーワードDNA / DNA Holliday Junction / Four-Way Junction / stacked-X junction / brominated uracil
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hays, F.A. / Vargason, J.M. / Ho, P.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Effect of Sequence on the Conformation of DNA Holliday Junctions
著者: Hays, F.A. / Vargason, J.M. / Ho, P.S.
履歴
登録2003年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*(BRU)P*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*(BRU)P*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2834
ポリマ－6,2202
非ポリマー632
水1,56787
1
A: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*(BRU)P*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*(BRU)P*GP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*(BRU)P*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*(BRU)P*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5668
ポリマ－12,4394
非ポリマー1264
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.840, 22.580, 38.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-37-

NA

21A-68-

HOH

31A-86-

HOH

詳細This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of two chains A and B. The full four stranded Holliday junction structure can be generated by the following: matrix = (-1.00000 0.00001 0.00000) (0.00001 1.00000 -0.00002) (0.00000 -0.00002 -1.00000) translation = (0.00022 0.00018 -0.00034)

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*(BRU)P*GP*G)-3'


分子量: 3109.874 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: DNA was synthesized on an Applied Biosystems DNA synthesizer using phosphoramidite chemistry, with the trityl-protecting group left intact at the 5-terminal nucleotide, FOR SUBSEQUENT HPLC ...詳細: DNA was synthesized on an Applied Biosystems DNA synthesizer using phosphoramidite chemistry, with the trityl-protecting group left intact at the 5-terminal nucleotide, FOR SUBSEQUENT HPLC PURIFICATION, THEN DEPROTECTED BY TREATMENT WITH 3% ACETIC ACID FOR FIFTEEN MINUTES, NEUTRALIZED WITH AMMONIUM HYDROXIDE, AND DESALTED ON A SIGMA G-25 SEPHADEX COLUMN.
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.87 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: 0.6mM DNA, 5mM Tris-HCL, 120mM calcium acetate, 16% 2-methyl-2,4-pentane diol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 7.50
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Tris-HCL11
2calcium acetate11
32-methyl-2,4-pentane diol11
4H2O11
5calcium acetate12
6Tris-HCL12
72-methyl-2,4-pentane diol12
8H2O12
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.6 mMDNA1drop
25 mMTris-HCl1droppH7.5
3120 mMcalcium acetate1drop
416 %MPD1drop
520 %MPD1reservoir
61
71
81

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.542
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年12月19日
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.18 Å / Num. obs: 4177 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 4.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 4.05
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.189 / % possible all: 34.9
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 4011 / Num. measured all: 13013
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 34.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1L6B USED FOR INITIAL SOLUTION VIA MOLECULAR REPLACEMENT

1l6b


解像度: 1.9→19.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 388 10.4 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.215 3745 86.7 %-
all-4011 --
原子変位パラメータBiso mean: 9.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 404 2 87 493
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.37
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.041 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 37 8.8 %
Rwork0.259 385 -
obs--60.1 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.243
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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