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- PDB-1p4e: Flpe W330F mutant-DNA Holliday Junction Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p4e
タイトルFlpe W330F mutant-DNA Holliday Junction Complex
要素
  • (Recombinase FLP ...) x 2
  • 33-MER
  • 5'-D(*TP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*TP*C)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*C)-3'
キーワードDNA BINDING PROTEIN/RECOMBINATION/DNA / Flp / Holliday junction / site-specific recombination / W330 / Flpe / DNA BINDING PROTEIN-RECOMBINATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid recombination / site-specific recombinase activity / DNA binding, bending / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding
類似検索 - 分子機能
FLP Recombinase, lambda integrase-like, N-terminal domain (domain 1) / Recombinase Flp protein, C-terminal / Recombinase Flp protein, N-terminal / Recombinase Flp protein N-terminus / Recombinase Flp protein / Flp-type tyrosine recombinase domain profile. / Intergrase catalytic core / hpI Integrase; Chain A / Integrase-like, catalytic domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core ...FLP Recombinase, lambda integrase-like, N-terminal domain (domain 1) / Recombinase Flp protein, C-terminal / Recombinase Flp protein, N-terminal / Recombinase Flp protein N-terminus / Recombinase Flp protein / Flp-type tyrosine recombinase domain profile. / Intergrase catalytic core / hpI Integrase; Chain A / Integrase-like, catalytic domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHONATE / DNA / DNA (> 10) / Site-specific recombinase Flp
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Rice, P.A. / Chen, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The role of the conserved Trp330 in Flp-mediated recombination. Functional and structural analysis
著者: Rice, P.A. / Chen, Y.
履歴
登録2003年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999 The sequence in the database is that of Flp. For this experiment, it is Flpe, a mutant of Flp. ... The sequence in the database is that of Flp. For this experiment, it is Flpe, a mutant of Flp. Flpe differs from Flp with four point mutations at 2, 33, 108 and 294.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: 5'-D(*TP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*TP*C)-3'
I: 5'-D(*TP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*C)-3'
F: 5'-D(*TP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*TP*C)-3'
J: 5'-D(*TP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*C)-3'
G: 33-MER
H: 33-MER
A: Recombinase FLP protein
B: Recombinase FLP protein
C: Recombinase FLP protein
D: Recombinase FLP protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,19011
ポリマ－238,11010
非ポリマー801
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.760, 116.715, 142.053
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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DNA鎖 , 3種, 6分子 EFIJGH

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*TP*C)-3'


分子量: 3916.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*C)-3'


分子量: 6165.042 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 33-MER


分子量: 10126.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: 2PO represents 3'-phosphate which attached to C13 of chain H

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Recombinase FLP ... , 2種, 4分子 ABCD

#4: タンパク質 Recombinase FLP protein / Protein Able


分子量: 49383.395 Da / 分子数: 2 / Fragment: Flpe / Mutation: W330F / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal (His)6 tag via a glycine linker
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: FLP1 / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P03870
#5: タンパク質 Recombinase FLP protein / Protein Able


分子量: 49463.375 Da / 分子数: 2 / Fragment: Flpe / Mutation: W330F / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Posttranslational modification of TYR343 to PTR. This modification is a result of covalent binding to DNA.
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: FLP1 / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P03870

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非ポリマー , 2種, 267分子

#6: 化合物 ChemComp-2PO / PHOSPHONATE / ホスホン酸ジアニオン


分子量: 79.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO3P / 詳細: 3'-phosphate
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 5KMME, Hepes, xylitol, sodium chloride, calcium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 500011
2H2O11
3xylitol11
4sodium chlorid11
5calcium chloride11
6PEG 500012
7calcium chloride12
8H2O12
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
14 mMDNA substrate1drop
2120 nmprotein1drop
325 mMtaps1droppH8.0
4200 mM1dropNaCl
512 %glycerol1drop
62 mMEDTA1drop
71 mg/mlbovine serum albumin1drop
820 mMHEPES1reservoirpH7.0
911 %PEG5000 MME1reservoir
1020 %xylitol1reservoir
11100 mM1reservoirNaCl
122 mMdithiothreitol1reservoir
1310 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月26日
放射モノクロメーター: Ge 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→22 Å / Num. all: 68765 / Num. obs: 68765 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 42.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 90.9
反射
*PLUS
最低解像度: 22 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: Flpe-DNA complex, pdb. 1M6X

1m6x


解像度: 2.7→21.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: CHAIN B IS THE MOST WELL-ORDERED protein monomer. The crystal diffraction was anisotropic (2.7, 3.0, 2.9 along the three axes). The distance between T14 H and C13 H is 3.45 angstrom.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 6513 10.1 %RANDOM
Rwork0.236 ---
all-70806 --
obs-64397 90.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.205 Å2 / ksol: 0.273014 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.62 Å20 Å21.42 Å2
2--16.55 Å20 Å2
3----0.93 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.58 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→21.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13181 2619 4 266 16070
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.98
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.331.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.382
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.682
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.722.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 932 10.3 %
Rwork0.378 8152 -
obs--77.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP_NOPUCKERS.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 22 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.21
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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