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万見
- PDB-1p4d: F factor TraI Relaxase Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p4d
タイトルF factor TraI Relaxase Domain
要素TraI protein
キーワードHYDROLASE / 5-strand antiparallel beta sheet / alpha-beta / 3 histidine Mg(II) coordination
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA helicase activity / DNA helicase / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / DNA helicase, TraI type / Conjugative transfer relaxase protein TraI / TraI, 2B/2B-like domain / TraI, N-terminal subdomain / DNA helicase TraI, C-terminal / single-stranded DNA binding TraI N-terminal subdomain / DNA relaxase TraI 2B/2B-like domain / TraI helicase-associated ssDNA bd, N-terminal / Conjugative relaxase, N-terminal ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / DNA helicase, TraI type / Conjugative transfer relaxase protein TraI / TraI, 2B/2B-like domain / TraI, N-terminal subdomain / DNA helicase TraI, C-terminal / single-stranded DNA binding TraI N-terminal subdomain / DNA relaxase TraI 2B/2B-like domain / TraI helicase-associated ssDNA bd, N-terminal / Conjugative relaxase, N-terminal / TrwC relaxase / TrwC relaxase / AAA domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Multifunctional conjugation protein TraI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Datta, S. / Larkin, C. / Schildbach, J.F.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Structural insights into single-stranded DNA binding and cleavage by F factor TraI.
著者: Datta, S. / Larkin, C. / Schildbach, J.F.
#1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2003
タイトル: Subdomain organization and catalytic residues of the F factor TraI relaxase domain
著者: Street, L.M. / Harley, M.J. / Stern, J.C. / Larkin, C. / Williams, S.L. / Miller, D.L. / Dohm, J.A. / Rodgers, M.E. / Schildbach, J.F.
履歴
登録2003年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TraI protein
B: TraI protein
C: TraI protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,78317
ポリマ－109,0283
非ポリマー75614
水2,918162
1
A: TraI protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6777
ポリマ－36,3431
非ポリマー3356
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TraI protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6777
ポリマ－36,3431
非ポリマー3356
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: TraI protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4293
ポリマ－36,3431
非ポリマー862
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.219, 128.219, 121.184
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-952-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TraI protein / DNA helicase I / Contains: Trai* protein


分子量: 36342.547 Da / 分子数: 3 / 断片: 36 kDa N-terminal domain of TraI (Residues 1-330) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: TRAI / プラスミド: pET24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P14565, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.83 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 1000, Tris, magnesium chloride, strontium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
pH: 8.25 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Larkin, C., (2003) Acta Crystallogr., D59, 1514.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
114 mg/mlprotein1drop
225 mMTris1droppH8.25
30.1 mMEDTA1drop
40.5 mMbeta-mercaptoethanol1drop
550 mM1dropNaCl

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1931
2931
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンCHESS F210.9713
シンクロトロンCHESS F220.9713, 0.9789, 0.9793
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2003年2月14日
ADSC QUANTUM 42CCD2003年2月14日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double bounce energy tunableSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double bounce energy tunableMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97131
20.97891
30.97931
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. all: 35773 / Num. obs: 34650 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 51.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 43.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / % possible all: 92.3
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / % possible obs: 96.8 % / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.3 % / Rmerge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 8.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 3441 9.9 %RANDOM
Rwork0.233 ---
all0.238 35773 --
obs0.238 34650 96.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.1404 Å2 / ksol: 0.364689 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 67.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.68 Å25.95 Å20 Å2
2--1.68 Å20 Å2
3----3.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6445 0 47 164 6656
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 537 9.9 %
Rwork0.291 4905 -
obs--92.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3EGL.PARAMEGL.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 25 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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