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- PDB-1p47: Crystal Structure of tandem Zif268 molecules complexed to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p47
タイトルCrystal Structure of tandem Zif268 molecules complexed to DNA
要素
  • 5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*A)-3'
  • 5'-D(*GP*TP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*T)-3'
  • Early growth response protein 1
キーワードTranscription/DNA / ZINC FINGER / DNA-BINDING PROTEIN / COMPLEX (ZINC FINGER-DNA) / Transcription-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of glomerular metanephric mesangial cell proliferation / cellular response to interleukin-8 / regulation of progesterone biosynthetic process / regulation of protein sumoylation / cellular response to heparin / cellular response to mycophenolic acid / circadian temperature homeostasis / positive regulation of post-translational protein modification / positive regulation of hormone biosynthetic process ...glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of glomerular metanephric mesangial cell proliferation / cellular response to interleukin-8 / regulation of progesterone biosynthetic process / regulation of protein sumoylation / cellular response to heparin / cellular response to mycophenolic acid / circadian temperature homeostasis / positive regulation of post-translational protein modification / positive regulation of hormone biosynthetic process / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / interleukin-1-mediated signaling pathway / histone acetyltransferase binding / : / positive regulation of smooth muscle cell migration / skeletal muscle cell differentiation / locomotor rhythm / T cell differentiation / estrous cycle / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / BMP signaling pathway / long-term memory / regulation of neuron apoptotic process / response to glucose / positive regulation of chemokine production / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to ischemia / promoter-specific chromatin binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / circadian regulation of gene expression / response to insulin / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cellular response to gamma radiation / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of neuron apoptotic process / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of apoptotic process / sequence-specific DNA binding / learning or memory / transcription cis-regulatory region binding / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Early growth response protein 1, C-terminal / Early growth response, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3432) / Early growth response N-terminal domain / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily ...Early growth response protein 1, C-terminal / Early growth response, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3432) / Early growth response N-terminal domain / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Early growth response protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Peisach, E. / Pabo, C.O.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Constraints for Zinc Finger Linker Design as Inferred from X-ray Crystal Structure of Tandem Zif268-DNA Complexes
著者: Peisach, E. / Pabo, C.O.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Zif268 protein-DNA complex refined at 1.6A: implications for understanding zinc finger DNA recognition
著者: Elrod-Erickson, M. / Rould, M.A. / Nekludova, L. / Pabo, C.O.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Getting a handhold on DNA: design of poly-zinc finger proteins with femtomolar dissociation constants.
著者: Kim, J.S. / Pabo, C.O.
履歴
登録2003年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*GP*TP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*T)-3'
D: 5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*A)-3'
A: Early growth response protein 1
B: Early growth response protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,85910
ポリマ－34,4674
非ポリマー3926
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.629, 70.629, 99.608
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*T)-3'


分子量: 6937.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHESIZED DNA OLIGO / キーワード: GONUCLEOTIDE BINDING SITE
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*A)-3'


分子量: 6573.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHESIZED DNA OLIGO / キーワード: GONUCLEOTIDE BINDING SITE
#3: タンパク質 Early growth response protein 1 / EGR-1 / Krox-24 protein / ZIF268 / Nerve growth factor-induced protein A / NGFI-A


分子量: 10478.034 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 333-419 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: EGR1 OR EGR-1 OR KROX-24 / プラスミド: PZIF89 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / キーワード: ZINC FINGERS / 参照: UniProt: P08046
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: bis-tris propane-HCl, sodium chloride, zinc cloride, ammonium acetate, PEG 400, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1bis-tris propane-HCl11
2sodium chloride11
3zinc cloride11
4ammonium acetate11
5PEG 40011
6H2O11
7PEG 40012
8ammonium acetate12
9zinc cloride12
10sodium chloride12
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mMBTP1droppH8.0
21.4 mM1dropZnCl2
34-15 %(w/v)PEG4001reservoir
40-200 mM1reservoir
5100 mMBTP1reservoirpH7.0
60.56 mMDNA1drop
7100 mMBTP1droppH8.0
8400 mM1dropNaCl
91
101

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月1日
放射モノクロメーター: Bent Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→100 Å / Num. all: 25748 / Num. obs: 24823 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(F): -2 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 4.4 % / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.12 % / Num. unique all: 1243 / Rsym value: 0.405 / % possible all: 43
反射
*PLUS
Num. obs: 25748 / Num. measured all: 113508 / Rmerge(I) obs: 0.047

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.22精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AAY

1aay


解像度: 2.2→60.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 6.785 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.21 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26743 2429 9.8 %RANDOM
Rwork0.21394 ---
all0.2192 22393 --
obs0.2192 22393 90.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.044 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å2-0.03 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→60.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1431 896 6 100 2433
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0450.0212493
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021723
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg4.4332.3963514
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.61634076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.9075169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2150.2331
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0210.022080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.02367
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.2518
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2960.22119
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1180.21077
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2410.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.160.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2450.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1050.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8831.5857
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.23921392
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.24531636
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.144.52122
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.253 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.46 67
Rwork0.376 626
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 60.9 Å / Num. reflection obs: 19964 / Rfactor Rfree: 0.268 / Rfactor Rwork: 0.214
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.046
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg4.309
X-RAY DIFFRACTIONr_plane_restr0.025

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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