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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p32 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN P32, A DOUGHNUT-SHAPED ACIDIC MITOCHONDRIAL MATRIX PROTEIN | ||||||
![]() | MITOCHONDRIAL MATRIX PROTEIN, SF2P32 | ||||||
![]() | MITOCHONDRIAL MATRIX PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() adrenergic receptor binding / Apoptotic factor-mediated response / Defective Intrinsic Pathway for Apoptosis Due to p14ARF Loss of Function / negative regulation of MDA-5 signaling pathway / kininogen binding / : / negative regulation of RIG-I signaling pathway / negative regulation of defense response to virus / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / hyaluronic acid binding ...adrenergic receptor binding / Apoptotic factor-mediated response / Defective Intrinsic Pathway for Apoptosis Due to p14ARF Loss of Function / negative regulation of MDA-5 signaling pathway / kininogen binding / : / negative regulation of RIG-I signaling pathway / negative regulation of defense response to virus / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / hyaluronic acid binding / translation activator activity / complement component C1q complex binding / positive regulation of trophoblast cell migration / blood coagulation, intrinsic pathway / mitochondrial ribosome binding / regulation of complement activation / negative regulation of interleukin-12 production / positive regulation of mitochondrial translation / positive regulation of neutrophil chemotaxis / enzyme inhibitor activity / RHOC GTPase cycle / presynaptic active zone / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / transcription factor binding / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of cell adhesion / RHOA GTPase cycle / GABA-ergic synapse / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / viral process / intrinsic apoptotic signaling pathway / RNA splicing / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cytosolic ribosome assembly / complement activation, classical pathway / protein kinase C binding / mRNA processing / transcription corepressor activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / mitochondrial matrix / immune response / positive regulation of apoptotic process / innate immune response / mRNA binding / glutamatergic synapse / apoptotic process / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / mitochondrion / extracellular space / extracellular region / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jiang, J. / Zhang, Y. / Krainer, A.R. / Xu, R.-M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of human p32, a doughnut-shaped acidic mitochondrial matrix protein. 著者: Jiang, J. / Zhang, Y. / Krainer, A.R. / Xu, R.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 97.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 379.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 392.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23826.105 Da / 分子数: 3 / 変異: L74M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1998年1月1日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 27284 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 15.4 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.139 / % possible all: 59.8 | |||||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 170171 | |||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 59.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: DENSITY MODIFICATION / Bsol: 56.0793 Å2 / ksol: 0.359245 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.39 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→30 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'CNS' / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.1926 |