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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p26 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of zinc(II)-d(GGCGCC)2 | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / B-DNA / zinc binding | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å | データ登録者 | Labiuk, S.L. / Delbaere, L.T. / Lee, J.S. | 引用 | ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2003 | タイトル: Cobalt(II), nickel(II) and zinc(II) do not bind to intra-helical N(7) guanine positions in the B-form crystal structure of d(GGCGCC) 著者: Labiuk, S.L. / Delbaere, L.T. / Lee, J.S. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1p26.cif.gz | 26.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1p26.ent.gz | 16.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1p26.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1p26_validation.pdf.gz | 385.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1p26_full_validation.pdf.gz | 397.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1p26_validation.xml.gz | 4.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1p26_validation.cif.gz | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/1p26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/1p26 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1810.205 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized by AlphaDNA (Quebec, PQ, Canada) #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: DNA, TAPS-HCl, ZnCl2, MPD, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.92→26 Å / Num. all: 3115 / Num. obs: 3115 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 42.4 Å2 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.92→3 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.6 / % possible all: 87.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / Num. measured all: 133922 / Rmerge(I) obs: 0.11 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87.7 % / Rmerge(I) obs: 0.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: NDB ENTRY BD0040 解像度: 2.92→15 Å / Isotropic thermal model: grouped B-values / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.92→15 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / Rfactor Rwork: 0.21 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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