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万見
- PDB-1p1p: [PRO7,13] AA-CONOTOXIN PIVA, NMR, 12 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p1p
タイトル[PRO7,13] AA-CONOTOXIN PIVA, NMR, 12 STRUCTURES
要素AA-CONOTOXIN PIVA
キーワードNEUROTOXIN / CONOTOXIN / ACETYLCHOLINE RECEPTOR BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Alpha-A conotoxin PIVA-like / Alpha-A conotoxin PIVA-like protein / Conotoxin, alpha-type / Alpha conotoxin precursor
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-conotoxin PIVA
類似検索 - 構成要素
生物種Conus purpurascens (無脊椎動物)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Han, K.-H. / Hwang, K.-J. / Kim, S.-M. / Kim, S.-K. / Gray, W.R. / Olivera, B.M. / Rivier, J. / Shon, K.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: NMR structure determination of a novel conotoxin, [Pro 7,13] alpha A-conotoxin PIVA.
著者: Han, K.H. / Hwang, K.J. / Kim, S.M. / Kim, S.K. / Gray, W.R. / Olivera, B.M. / Rivier, J. / Shon, K.J.
履歴
登録1996年12月6日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AA-CONOTOXIN PIVA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,6251
ポリマ－2,6251
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)12 / 50RMSD
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド AA-CONOTOXIN PIVA


分子量: 2624.956 Da / 分子数: 1 / 変異: PRO 7, PRO 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Conus purpurascens (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P55963

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111COSY
121TOCSY
131NOESY
141P.E.COSY

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試料調製

試料状態pH: 3.4 / 温度: 287 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY 500 / 製造業者: Varian / モデル: UNITY 500 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DGII, DISCOVERDISCOVERBIOSYM TECHNOLOGIES精密化
VNMR構造決定
Felix構造決定
DGII構造決定
Discover構造決定
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
詳細: THE TOTAL OF 324 NOE-DERIVED INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS INCLUDING 33 LONG-RANGE NOE RESTRAINTS AS WELL AS 11 PHI AND 7 CHI1 TORSION ANGLE RESTRAINTS WERE USED FOR STRUCTURE DETERMINATION. ...詳細: THE TOTAL OF 324 NOE-DERIVED INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS INCLUDING 33 LONG-RANGE NOE RESTRAINTS AS WELL AS 11 PHI AND 7 CHI1 TORSION ANGLE RESTRAINTS WERE USED FOR STRUCTURE DETERMINATION. BACK CALCULATION OF EXPERIMENTAL NOE SPECTRUM YIELDED THE FINAL R-FACTORS OF RA=0.641 AND RB=0.157. THE FINAL RMSD VALUES ARE 0.90A AND 1.16A FOR THE BACKBONE AND THE HEAVY ATOMS, RESPECTIVELY. RESIDUES 12 - 24 ARE EXTREMELY WELL-DEFINED WITH A BACKBONE RMSD OF 0.56 A WHEREAS THE N-TERMINAL 3 - 11 DISULFIDE LOOP IS FLEXIBLE POSSESSING A BACKBONE RMSD OF 1.09 A.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: RMSD / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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