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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p12 | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURES OF ALPHA-LYTIC PROTEASE COMPLEXES WITH IRREVERSIBLY BOUND PHOSPHONATE ESTERS | |||||||||
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![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEINASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() alpha-lytic endopeptidase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Bone, R. / Agard, D.A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of alpha-lytic protease complexes with irreversibly bound phosphonate esters. 著者: Bone, R. / Sampson, N.S. / Bartlett, P.A. / Agard, D.A. #1: ![]() タイトル: Peptidic Phosphonylating Agents as Irreversible Inhibitors of Serine Proteases and Models of the Tetrahedral Intermediates 著者: Sampson, N.S. / Bartlett, P.A. #2: ![]() タイトル: Refined Structure of Alpha-Lytic Protease at 1.7 Angstroms Resolution. Analysis of Hydrogen Bonding and Solvent Structure 著者: Fujinaga, M. / Delbaere, L.T.J. / Brayer, G.D. / James, M.N.G. #3: ![]() タイトル: Molecular Structure of the Alpha-Lytic Protease from Myxobacter 495 at 2.8 Angstroms Resolution 著者: Brayer, G.D. / Delbaere, L.T.J. / James, M.N.G. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 56.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 385.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 391.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: PRO E 99A IS A CIS PROLINE. / 2: SEE REMARK 5. / 3: SEE REMARK 6. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19875.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THE PVA RESIDUE IN THE INHIBITOR IS THE ALPHA-AMINO PHOSPHONIC ACID ANALOG OF VAL IN WHICH THE C- ...THE PVA RESIDUE IN THE INHIBITOR IS THE ALPHA-AMINO PHOSPHONIC |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.95 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.124 / 最高解像度: 1.9 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
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拘束条件 | *PLUS
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