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万見
- PDB-1ozi: The alternatively spliced PDZ2 domain of PTP-BL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ozi
タイトルThe alternatively spliced PDZ2 domain of PTP-BL
要素protein tyrosine phosphatase
キーワードHYDROLASE / all-beta protein / PDZ domain / interaction with C-termini / APC / Adenomatous Polyposis Coli / RIL / reversion induced LIM
機能・相同性
機能・相同性情報


RND3 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase ...RND3 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / lamellipodium / midbody / cytoskeleton / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13 / Unstructured linker region on PTN13 protein between PDZ / : / KIND domain / KIND domain profile. / kinase non-catalytic C-lobe domain / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal ...Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13 / Unstructured linker region on PTN13 protein between PDZ / : / KIND domain / KIND domain profile. / kinase non-catalytic C-lobe domain / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / cartesian space distance geometry, restrained molecular dynamics
データ登録者Walma, T. / Aelen, J. / Oostendorp, M. / van den Berk, L. / Hendriks, W. / Vuister, G.W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: A Closed Binding Pocket and Global Destabilization Modify the Binding Properties of an Alternatively Spliced Form of the Second PDZ Domain of PTP-BL.
著者: Walma, T. / Aelen, J. / Nabuurs, S.B. / Oostendorp, M. / van den Berk, L. / Hendriks, W. / Vuister, G.W.
履歴
登録2003年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein tyrosine phosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3711
ポリマ－10,3711
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 protein tyrosine phosphatase / NONRECEPTOR-TYPE / 13 / PROTEIN-TYROSINE PHOSPHATASE RIP / PHOSPHOPROTEIN PHOSPHATASE / PROTEIN- ...NONRECEPTOR-TYPE / 13 / PROTEIN-TYROSINE PHOSPHATASE RIP / PHOSPHOPROTEIN PHOSPHATASE / PROTEIN-TYROSINE-PHOSPHATASE / PHOSPHOTYROSINE PHOSPHATASE / PTPASE / PTP36 / BAS-LIKE


分子量: 10370.792 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ2 of PTP-BL / 変異: INS (VLFDK-G36) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Longer alternative splice variant / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: PTP-BL / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
株 (発現宿主): Escherichia coli BL21 Codon Plus (DE3) RIL competent
参照: UniProt: Q64512, protein-tyrosine-phosphatase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
131HNHA
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細内容: 1.4mM PDZ2_AS, 13C/15N labelled, 50mM potassium phosphate buffer, 50mM KCl
溶媒系: 95% H20, 5% D20
試料状態イオン強度: 100 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio et al.解析
X-PLOR3.851Brunger精密化
X-PLORNIHBrunger, NIH精密化
精密化手法: cartesian space distance geometry, restrained molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1459 restraints: 1354 are NOE-derived distance constraints, 76 dihedral angle restraints, 29 distance restraints from hydrogen bonds
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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