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- PDB-1oyx: CRYSTAL STRUCTURE OF 3-MBT REPEATS OF LETHAL (3) MALIGNANT BRAIN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oyx
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF 3-MBT REPEATS OF LETHAL (3) MALIGNANT BRAIN TUMOR (SELENO-MET) AT 1.85 ANGSTROM
要素Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
キーワードTRANSCRIPTION / propeller / transcription repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


SAM domain binding / chromatin lock complex / constitutive heterochromatin formation / regulation of megakaryocyte differentiation / histone H4K20me2 reader activity / regulation of mitotic nuclear division / : / hemopoiesis / nucleosome binding / condensed chromosome ...SAM domain binding / chromatin lock complex / constitutive heterochromatin formation / regulation of megakaryocyte differentiation / histone H4K20me2 reader activity / regulation of mitotic nuclear division / : / hemopoiesis / nucleosome binding / condensed chromosome / Regulation of TP53 Activity through Methylation / heterochromatin formation / chromatin organization / histone binding / regulation of cell cycle / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Zinc finger, C2H2C-type superfamily / Zinc finger, C2HC type / Zinc finger, C2H2C-type / Zinc finger CCHHC-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / : ...: / : / Zinc finger, C2H2C-type superfamily / Zinc finger, C2HC type / Zinc finger, C2H2C-type / Zinc finger CCHHC-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / : / mbt repeat / SH3 type barrels. - #140 / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Wang, W.K. / Tereshko, V. / Boccuni, P. / MacGrogan, D. / Nimer, S.D. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Malignant brain tumor repeats: a three-leaved propeller architecture with ligand/peptide binding pockets.
著者: Wang, W.K. / Tereshko, V. / Boccuni, P. / MacGrogan, D. / Nimer, S.D. / Patel, D.J.
履歴
登録2003年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
B: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
C: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,84324
ポリマ－114,1313
非ポリマー2,71221
水9,134507
1
A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
B: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
C: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
ヘテロ分子

A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
B: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
C: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
ヘテロ分子

A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
B: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
C: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)350,52872
ポリマ－342,3949
非ポリマー8,13563
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z+2/31
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)105.656, 105.656, 90.369
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
詳細The biological assembly is a trimer generated by the operations: -y, x-y, z+2/3, -x+y, -x, z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Lethal(3)malignant brain tumor-like protein / L3 / mbt-like / L3 / mbt protein homolog / H-l3 / mbt protein / H-L3 / MBT


分子量: 38043.758 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 197-527 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: brain / 遺伝子: L3MBTL OR L3MBT OR KIAA0681 / プラスミド: pGEX-4T-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE(3)RP / 参照: UniProt: Q9Y468
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG MME 5000, MES, DTT, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1100 mMdithiothreitol1drop
2100 mMMES1reservoirpH6.5
30.15 mMammonium sulfate1reservoir
420 %PEG5000 MME1reservoir
510 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.06334, 0.97935, 0.97914, 0.95668
検出器検出器: CCD / 日付: 2002年9月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.063341
20.979351
30.979141
40.956681
反射解像度: 1.85→20 Å / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.55 / Num. unique all: 4088
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 88637 / % possible obs: 97 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.2 % / Num. unique obs: 4088 / Rmerge(I) obs: 0.55

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.13精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 1.85→19.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.968 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23822 4678 5 %RANDOM
Rwork0.20698 ---
obs0.20853 88633 96.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20.04 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7635 0 154 507 8296
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0218084
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.026741
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5811.92611054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.956315825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2025936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.21088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.028880
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021662
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21561
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2580.27614
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.24110
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2431
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3890.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3620.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3780.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0711.54728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.95427683
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.79133356
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3624.53371
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.53 209
Rwork0.504 4088
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4428-0.23820.32011.9626-0.01651.6787-0.0887-0.05850.28680.3324-0.03160.0025-0.0903-0.18670.12030.0979-0.0385-0.02320.0969-0.01880.188-4.79215.9811.221
21.1490.2052-0.45011.21890.01541.3599-0.14790.1695-0.0999-0.08290.09580.15630.1562-0.23760.05210.0561-0.0420.0030.0983-0.00390.114837.28224.1442.816
32.40350.3678-0.6021.08460.25011.84420.0274-0.0018-0.04870.1056-0.04470.17790.1129-0.14550.01730.0533-0.00080.02690.00030.00640.1619-15.45654.6219.191
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA206 - 51810 - 322
2X-RAY DIFFRACTION2BB206 - 51810 - 322
3X-RAY DIFFRACTION3CC206 - 51810 - 322
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.238 / Rfactor Rwork: 0.206
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.58
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 1.9 Å / Rfactor Rfree: 0.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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