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万見
- PDB-1oyv: Crystal structure of tomato inhibitor-II in a ternary complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oyv
タイトルCrystal structure of tomato inhibitor-II in a ternary complex with subtilisin Carlsberg
要素
  • Subtilisin Carlsberg
  • Wound-induced proteinase inhibitor-II
キーワードHYDROLASE / serine proteinase inhibitor / ternary complex / multidomain inhibitor / potato II family
機能・相同性
機能・相同性情報


subtilisin / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I20 / Potato type II proteinase inhibitor family / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily ...Proteinase inhibitor I20 / Potato type II proteinase inhibitor family / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Subtilisin Carlsberg / Wound-induced proteinase inhibitor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
Solanum lycopersicum (トマト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Barrette-Ng, I.H. / Ng, K.K. / Cherney, M.M. / Pearce, G. / Ryan, C.A. / James, M.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structural basis of inhibition revealed by a 1:2 complex of the two-headed tomato inhibitor-II and subtilisin Carlsberg
著者: Barrette-Ng, I.H. / Ng, K.K. / Cherney, M.M. / Pearce, G. / Ryan, C.A. / James, M.N.
履歴
登録2003年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Subtilisin Carlsberg
B: Subtilisin Carlsberg
I: Wound-induced proteinase inhibitor-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1615
ポリマ－68,0813
非ポリマー802
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area23610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.971, 55.099, 91.338
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Subtilisin Carlsberg


分子量: 27306.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus licheniformis (バクテリア) / 株: Nagarse / 参照: UniProt: P00780, subtilisin
#2: タンパク質 Wound-induced proteinase inhibitor-II


分子量: 13468.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: leaves of tomato plant / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 株: Bonny Best / 参照: UniProt: P05119
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 8000, sodium malonate, sodium citrate, ethylene glycol, ethanol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
118 %(w/v)PEG80001reservoir
2200 mMsodium malonate1reservoir
375 mMsodium citrate1reservoirpH6.0
410 %(w/v)ethylene glycol1reservoir
55 %(v/v)ethanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年7月1日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 23099 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2173 / Rsym value: 0.473 / % possible all: 94.1
反射
*PLUS
Num. obs: 23099 / Num. measured all: 97405
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.1 % / Num. unique obs: 2173 / Num. measured obs: 7394

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SCN

1scn


解像度: 2.5→40 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 2293 -random
Rwork0.214 ---
obs0.22 23099 98.3 %-
all-23099 --
原子変位パラメータBiso mean: 32.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.602 Å20 Å2-9.702 Å2
2---1.289 Å20 Å2
3---2.891 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4621 0 2 128 4751
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.37
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.8721.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.7792
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.9332
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.772.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 217 -
Rwork0.321 --
obs-2173 94.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.27
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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