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- PDB-1oy5: Crystal structure of tRNA (m1G37) methyltransferase from Aquifex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oy5
タイトルCrystal structure of tRNA (m1G37) methyltransferase from Aquifex aeolicus
要素tRNA (Guanine-N(1)-)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / trmD / tRNA (m1G37) methyltransferase / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center
機能・相同性
機能・相同性情報


: / tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA(m1g37)methyltransferase, domain 2 / Trp Operon Repressor; Chain A / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases ...tRNA(m1g37)methyltransferase, domain 2 / Trp Operon Repressor; Chain A / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Liu, J. / Wang, W. / Shin, D.H. / Yokota, H. / Kim, R. / Kim, S.H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of tRNA (m1G37) methyltransferase from Aquifex aeolicus at 2.6 A resolution: a novel methyltransferase fold.
著者: Liu, J. / Wang, W. / Shin, D.H. / Yokota, H. / Kim, R. / Kim, S.H.
履歴
登録2003年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 3 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 3 CHAIN(S). THE AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS NOT CLEAR.
Remark 400COMPOUND THE AUTHORS STATE THE FOLLOWING: BASED ON THE PROTEIN SEQUENCE, THIS PROTEIN, AQ_TRMD, IS ...COMPOUND THE AUTHORS STATE THE FOLLOWING: BASED ON THE PROTEIN SEQUENCE, THIS PROTEIN, AQ_TRMD, IS ANNOTATED AS A TRNA (M1G37) METHYLTRANSFERASE, SAME AS ANOTHER TRNA (M1G37) METHYLTRANSFERASE OF KNOWN STRUCTURE (SUCH AS 1UAJ, 1UAK, 1UAL, 1UAM). THE MAJOR DIFFERENCE IS THAT THE LATTER STRUCTURES HAVE "TRIFOIL KNOTS", WHICH IS PROPOSED AS ESSENTIAL FOR S-ADENOSYL-L-METHIONINE BINDING, WHILE THIS STRUCTURE DOES NOT HAVE THE KNOT. THEREFORE, IT IS POSSIBLE THAT THE PROTEIN IN THIS ENTRY MAY HAVE A BIOCHEMICAL FUNCTION DIFFERENT FROM TRNA (1MG37) METHYLTRANSFERASE DESPITE THE SEQUENCE-BASED ANNOTATION AS SUCH.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (Guanine-N(1)-)-methyltransferase
B: tRNA (Guanine-N(1)-)-methyltransferase
C: tRNA (Guanine-N(1)-)-methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0813
ポリマ－89,0813
非ポリマー00
水1,36976
1
A: tRNA (Guanine-N(1)-)-methyltransferase
C: tRNA (Guanine-N(1)-)-methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3872
ポリマ－59,3872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6480 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area21450 Å2
手法PISA
2
B: tRNA (Guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (Guanine-N(1)-)-methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3872
ポリマ－59,3872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)153.351, 96.139, 57.426
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.24, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 tRNA (Guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase


分子量: 29693.562 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: TRMD OR AQ_1489 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pSJ1244 / 参照: UniProt: O67463, EC: 2.1.1.31
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.89 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM Sodium Citrate, 20 % PEG3000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Jancarik, J., (1991) J. Appl. Crystallogr., 24, 409.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
20.1 Msodium cirtate1reservoirpH5.5
320 %PEG30001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9640,0.9793
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月23日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9641
20.97931
反射解像度: 2.58→20 Å / Num. obs: 31977 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.58→2.64 Å / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
REFMAC5精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→20 Å / SU B: 20.353 / SU ML: 0.454 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.086 / ESU R Free: 0.377 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30029 1312 5.2 %RANDOM
Rwork0.27937 ---
obs0.28048 24034 99.35 %-
all-24191 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.025 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.75 Å20 Å20.16 Å2
2--1.89 Å20 Å2
3----1.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5303 0 0 76 5379
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.343 90
Rwork0.298 1734
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.54780.5433-0.67144.41060.22624.9878-0.2551-0.0388-0.18830.01630.2507-0.35950.27350.38990.00440.06660.0124-0.00990.1279-0.08750.1293-37.5218-10.1929.4359
24.1335-0.69570.82791.5050.14643.9270.0042-0.0960.0696-0.0264-0.01450.001-0.00950.02650.01030.055-0.01030.00130.05450.00430.0294-14.344542.277924.2227
34.12942.1136-1.39695.7814-1.01573.6675-0.0354-0.20380.0383-0.2687-0.0343-0.5903-0.03970.18150.06960.1551-0.09050.0010.1425-0.14620.2362-25.394710.23094.8704
413.29340.51642.26446.5572-2.56749.1935-0.28860.5279-2.4543-1.2192-0.3898-1.46081.88691.02170.67841.0256-0.1660.76490.552-0.15371.3512-9.6145.791-9.9538
58.8721-0.86643.25919.6893-1.37873.14730.1145-0.57821.61540.4607-0.20110.9953-0.99430.30860.08670.4929-0.23340.18560.3624-0.22410.51128.589657.680148.8469
618.5065-3.7492-4.28624.44094.2074-1.0641-0.813-0.75010.31960.94490.9271-1.02071.35930.4979-0.11411.12120.5794-0.31770.55480.00030.53-26.7051-20.398225.9528
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 1644 - 164
2X-RAY DIFFRACTION2BB304 - 4644 - 164
3X-RAY DIFFRACTION3CC604 - 7644 - 164
4X-RAY DIFFRACTION4AA179 - 235179 - 235
5X-RAY DIFFRACTION5BB479 - 535179 - 235
6X-RAY DIFFRACTION6CC779 - 835179 - 235
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.3 / Rfactor Rwork: 0.279
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.97

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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