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- PDB-1oy0: The crystal Structure of the First Enzyme of Pantothenate Biosynt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oy0
タイトルThe crystal Structure of the First Enzyme of Pantothenate Biosynthetic Pathway, Ketopantoate Hydroxymethyltransferase from Mycobacterium Tuberculosis Shows a Decameric Assembly and Terminal Helix-Swapping
要素Ketopantoate hydroxymethyltransferase
キーワードTRANSFERASE / domain swapping / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase / 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase activity / pantothenate biosynthetic process / magnesium ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ketopantoate hydroxymethyltransferase / Ketopantoate hydroxymethyltransferase / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase / 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / SAS with averaging / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chaudhuri, B.N. / Sawaya, M.R. / Kim, C.Y. / Waldo, G.S. / Park, M.S. / Terwilliger, T.C. / Yeates, T.O. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: The Crystal Structure of the First Enzyme in the Pantothenate Biosynthetic Pathway, Ketopantoate Hydroxymethyltransferase, from M. tuberculosis
著者: Chaudhuri, B.N. / Sawaya, M.R. / Kim, C.Y. / Waldo, G.S. / Park, M.S. / Terwilliger, T.C. / Yeates, T.O.
履歴
登録2003年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ketopantoate hydroxymethyltransferase
B: Ketopantoate hydroxymethyltransferase
C: Ketopantoate hydroxymethyltransferase
D: Ketopantoate hydroxymethyltransferase
E: Ketopantoate hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,94810
ポリマ－146,8265
非ポリマー1225
水1,892105
1
A: Ketopantoate hydroxymethyltransferase
B: Ketopantoate hydroxymethyltransferase
C: Ketopantoate hydroxymethyltransferase
D: Ketopantoate hydroxymethyltransferase
E: Ketopantoate hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子

A: Ketopantoate hydroxymethyltransferase
B: Ketopantoate hydroxymethyltransferase
C: Ketopantoate hydroxymethyltransferase
D: Ketopantoate hydroxymethyltransferase
E: Ketopantoate hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)293,89620
ポリマ－293,65310
非ポリマー24310
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
手法PQS
2
C: Ketopantoate hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子

E: Ketopantoate hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7794
ポリマ－58,7312
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
Buried area5640 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area19040 Å2
手法PISA
3
A: Ketopantoate hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子

D: Ketopantoate hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7794
ポリマ－58,7312
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
Buried area5600 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area19110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.8, 106.8, 224.4
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質
Ketopantoate hydroxymethyltransferase / E.C.2.1.2.11 / 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase / panB


分子量: 29365.287 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: PANB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A5Q8, UniProt: P9WIL7*PLUS, 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Magnesium formate, ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17 mg/mlprotein1drop
2200 mMmagnesium formate1reservoir
310 %ethylene glycol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 36560 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 72.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.83 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 2.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / % possible obs: 97.8 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / % possible obs: 99.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
直接法モデル構築
CNS1.1精密化
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: SAS with averaging / 解像度: 2.8→92.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1874 5.1 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs-36534 97.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.469 Å2 / ksol: 0.348838 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.65 Å23.56 Å20 Å2
2--1.65 Å20 Å2
3----3.29 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.47 Å / Luzzati sigma a free: 0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→92.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9135 0 5 105 9245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 334 5.5 %
Rwork0.318 5731 -
obs--99.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 50 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.74
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.85 Å / Rfactor Rfree: 0.342 / Rfactor Rwork: 0.313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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