[日本語] English
万見
- PDB-1oxw: The Crystal Structure of SeMet Patatin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oxw
タイトルThe Crystal Structure of SeMet Patatin
要素Patatin
キーワードPLANT PROTEIN / ALPHA/BETA CLASS FOLD WITH APPROXIMATELY THREE LAYERS / ALPHA/BETA/ALPHA IN CONTENT. POSSESSES A CENTRAL SIX-STRANDED BETA SHEET WITH ALPHA-HELICES FRONT & BACK
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase activity / monoacylglycerol lipase activity / nutrient reservoir activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / vacuole / lipid catabolic process / defense response
類似検索 - 分子機能
Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain / Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain / Patatin-like phospholipase domain / Patatin-like phospholipase / Patatin-like phospholipase (PNPLA) domain profile. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Solanum cardiophyllum (ナス科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Rydel, T.J. / Williams, J.M. / Krieger, E. / Moshiri, F. / Stallings, W.C. / Brown, S.M. / Pershing, J.C. / Purcell, J.P. / Alibhai, M.F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: The Crystal Structure, Mutagenesis, and Activity Studies Reveal that Patatin Is a Lipid Acyl Hydrolase with a Ser-Asp Catalytic Dyad
著者: Rydel, T.J. / Williams, J.M. / Krieger, E. / Moshiri, F. / Stallings, W.C. / Brown, S.M. / Pershing, J.C. / Purcell, J.P. / Alibhai, M.F.
履歴
登録2003年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Patatin
B: Patatin
C: Patatin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,6223
ポリマ－125,6223
非ポリマー00
水8,971498
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.180, 171.420, 129.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Patatin


分子量: 41874.105 Da / 分子数: 3 / 変異: SeMet enzyme; N-term. hexa-His tag / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum cardiophyllum (ナス科) / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q8LPW4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG 3350, AMMONIUM ACETATE, TRIS BUFFER, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1droppH7.4
316 %PEG33501reservoir
40.24 Mammonium acetate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9791, 0.9792, 1.019, 0.9419
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月25日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97921
31.0191
40.94191
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 55374 / Num. obs: 51877 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 14.3 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 36.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.95 % / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique all: 5450 / Rsym value: 0.273 / % possible all: 80.4
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 55261 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / Num. measured all: 762165 / Rmerge(I) obs: 0.077

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE& AMoRE位相決定
X-PLOR98.1精密化
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 5221 -RANDOM
Rwork0.22 ---
all-55374 --
obs-51876 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8373 0 0 498 8871
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.272
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3396 580 -
Rwork0.2733 --
obs-5747 100 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る