PDB-1oxu: Crystal structure of GlcV, the ABC-ATPase of the glucose ABC tran...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1oxu

タイトル

Crystal structure of GlcV, the ABC-ATPase of the glucose ABC transporter from Sulfolobus solfataricus

要素

ABC transporter, ATP binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC-ATPase / ATP-binding cassette / ATPase / GlcV / Sulfolobus solfataricus

機能・相同性

機能・相同性情報

ABC-type ferric iron transporter activity / トランスロカーゼ; 炭水化物とその誘導体の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う / : / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Verdon, G. / Albers, S.V. / Dijkstra, B.W. / Driessen, A.J. / Thunnissen, A.M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal structures of the ATPase subunit of the glucose ABC transporter from Sulfolobus solfataricus: nucleotide-free and nucleotide-bound conformations
著者: Verdon, G. / Albers, S.V. / Dijkstra, B.W. / Driessen, A.J. / Thunnissen, A.M.

履歴

登録	2003年4月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1oxu.cif.gz	241.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1oxu.ent.gz	190.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1oxu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/1oxu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/1oxu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1oxsC 1oxtC 1oxvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1oxv-2 1oxt-2 1oxt-1 1oxv-3 1oxt-3 1oxv-1 1v43-d 1oxx-d 2yyz-d 1vci-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: ABC transporter, ATP binding protein

B: ABC transporter, ATP binding protein

C: ABC transporter, ATP binding protein

ヘテロ分子

126 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ABC transporter, ATP binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ABC transporter, ATP binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: ABC transporter, ATP binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.402, 149.045, 176.422
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ABC transporter, ATP binding protein / GlcV / glucose 分子量: 39167.348 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: glcV / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: GenBank: 15899565, UniProt: Q97UY8*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	... ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 810 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.45 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: PEG 3350, PEG 400, Tris, NaI, glycerol, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

結晶化

*PLUS

pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	4.25 mg/ml	protein	1	drop
2	20 mM	MES	1	drop	pH6.5
3	150 mM		1	drop		NaCl
4	5 %(v/v)	glycerol	1	drop
5	5 mM		1	drop		MgCl2
6	15 %(w/v)	PEG3350	1	reservoir
7	15 %(w/v)	PEG400	1	reservoir
8	0.1 M	Tris	1	reservoir	pH8.3
9	0.5 M		1	reservoir		NaI
10	15 %	glycerol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月28日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→35 Å / Num. all: 73299 / Num. obs: 73299 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 4 / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / R_sym value: 0.342 / % possible all: 98.3
反射	PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Num. all: 73299 / R_merge(I) obs*: 0.079
反射シェル	PLUS 最高解像度: 2.1 Å / % possible obs: 98.3 % / R_merge(I) obs*: 0.342

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→36.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 4.987 / SU ML: 0.136 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25561	3749	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19149	-	-	-
obs	0.19471	69488	100 %	-
all	-	69488	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.429 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8085	0	144	810	9039

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	8312
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.102	1.988	11253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.348	3	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.697	15	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	6059
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.271	0.3	3756
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.5	945
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.066	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.193	0.3	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	1.033	0.5	49
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	12.692	1.5	5236
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	15.573	2	8470
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	23.579	3	3076
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	24.632	4.5	2783

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.298	275
R_work	0.203	5062

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7733	0.1542	0.0734	1.0908	-0.4286	1.6018	0.017	-0.0731	0.0104	0.0719	-0.0336	-0.0221	-0.0209	0.0321	0.0166	0.0791	-0.0142	0.0046	0.0493	-0.0284	0.0166	15.004	65.819	75.39
2	1.8554	0.9737	1.2738	4.3214	0.4983	2.3372	-0.0359	0.0665	-0.0409	-0.1702	0.0704	-0.1168	0.0523	0.2804	-0.0345	0.0815	0.026	0.0206	0.0559	-0.0256	0.113	7.498	40.869	80.836
3	1.333	0.0632	-0.2413	3.4598	-2.1339	0.5953	-0.1474	0.3328	-0.0901	-0.5253	0.1997	0.3259	0.2136	-0.1449	-0.0523	0.1712	-0.0445	-0.0433	0.1408	-0.028	0.0856	0.141	59.619	70.977
4	4.0378	-0.3364	2.1636	2.0718	0.2248	4.0302	-0.0988	0.5474	0.2998	-0.2142	-0.0101	-0.0104	-0.3823	0.1981	0.1088	0.1789	-0.0048	-0.0137	0.1677	0.0687	0.0986	-13.671	75.469	50.049
5	2.32	-0.1489	-0.0057	1.7564	-0.6836	2.2488	0.0428	0.0235	0.0069	0.0039	-0.1283	-0.1036	-0.1314	0.0886	0.0855	0.2103	-0.0386	0.0044	0.1022	-0.0197	0.0406	16.651	115.302	73.449
6	3.4076	1.591	1.9803	3.8425	0.1077	2.8914	-0.083	0.3436	-0.5335	-0.1614	0.1701	-0.0142	0.0095	0.3135	-0.0871	0.1286	0.0204	0.0303	0.0975	-0.0496	0.2294	7.392	91.144	80.528
7	1.8404	0.0139	-0.4883	3.0992	-2.4158	0.8025	-0.1384	0.3898	-0.2325	-0.4972	0.1992	0.3281	0.093	-0.191	-0.0608	0.2995	-0.0432	-0.074	0.2319	-0.0512	0.1074	1.248	109.393	69.757
8	3.9178	0.2266	2.3232	1.7601	0.815	4.7722	-0.3237	0.3113	0.3481	-0.1469	0.0739	0.0143	-0.7124	0.1763	0.2499	0.3667	-0.0327	-0.0699	0.1441	0.0605	0.1144	-12.596	124.792	48.349
9	1.4673	0.0235	0.0148	0.949	-0.3648	1.6052	0.0556	-0.0667	0.0508	0.0341	-0.0695	-0.0484	-0.043	0.1254	0.0139	0.0868	-0.0267	0.0117	0.0546	-0.0243	0.0169	15.219	15.19	75.618
10	1.2545	0.3141	0.42	3.7968	0.2849	1.0379	-0.0465	0.0104	-0.0757	-0.1388	0.0214	-0.0283	0.0157	0.1293	0.0252	0.1174	-0.0054	0.0203	0.067	-0.0202	0.1162	7.343	-9.829	81.122
11	1.0074	-0.2166	-0.113	2.7908	-1.8913	1.4722	-0.1254	0.3385	-0.1428	-0.472	0.1316	0.2151	0.3096	-0.1702	-0.0062	0.1611	-0.0452	-0.0221	0.1309	-0.0399	0.0821	0.32	8.693	71.279
12	3.7043	-0.0815	2.0131	2.0773	0.27	4.2404	-0.1528	0.3523	0.2796	-0.1838	0.0195	-0.0392	-0.4847	0.1205	0.1333	0.211	-0.0074	-0.0168	0.1159	0.0523	0.0751	-13.696	25.622	50.717

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 88	1 - 88
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	89 - 160	89 - 160
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	161 - 225	161 - 225
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	226 - 353	226 - 353
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	3 - 88	3 - 88
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	89 - 160	89 - 160
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	161 - 225	161 - 225
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	226 - 353	226 - 353
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	3 - 88	3 - 88
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	C	89 - 160	89 - 160
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	C	161 - 225	161 - 225
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	C	226 - 353	226 - 353

精密化

*PLUS

最低解像度: 35 Å / R_factor R_free: 0.256 / R_factor R_work: 0.198

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)