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- PDB-1ox0: The crystal structure of beta-ketoacyl-[acyl carrier protein] syn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ox0
タイトルThe crystal structure of beta-ketoacyl-[acyl carrier protein] synthase II from Streptococcus pneumoniae
要素Beta ketoacyl-acyl carrier protein synthase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal ...3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Price, A.C. / Rock, C.O. / White, S.W.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2003
タイトル: The 1.3-Angstrom-Resolution Crystal Structure of beta-Ketoacyl-Acyl Carrier Protein Synthase II from Streptococcus pneumoniae.
著者: Price, A.C. / Rock, C.O. / White, S.W.
履歴
登録2003年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Advisory / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta ketoacyl-acyl carrier protein synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0673
ポリマ－46,0191
非ポリマー492
水5,855325
1
A: Beta ketoacyl-acyl carrier protein synthase
ヘテロ分子

A: Beta ketoacyl-acyl carrier protein synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,1346
ポリマ－92,0372
非ポリマー974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area6910 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area27140 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)63.666, 89.973, 62.202
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-761-

HOH

21A-781-

HOH

詳細The biological assembly is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation: 1-x, -y, z .

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要素

#1: タンパク質 Beta ketoacyl-acyl carrier protein synthase / Beta ketoacyl-acyl carrier protein synthase II


分子量: 46018.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: RN4220 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9FBC2, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.43 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: PEG 3350, magnesium acetate, Tris HCl, pH 7.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 392K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
150 mMTris-HCl1reservoirpH7.5
21 mMEDTA1reservoir
31 mMdithiothreitol1reservoir
420 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→15 Å / Num. all: 85878 / Num. obs: 85878 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
Num. obs: 88233 / 冗長度: 8.5 % / Num. measured all: 1002530 / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 3.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 0.538 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16005 2038 2.3 %RANDOM
Rwork0.13775 ---
all0.1382 85878 --
obs0.13825 85878 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.52 Å20 Å2
3---0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3111 0 2 325 3438
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0213134
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0250.022812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8131.944247
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04136534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.275412
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2477
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0210.023577
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0360.02626
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2470.2578
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2540.23114
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21616
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2154
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3990.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3610.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1160.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.561.52043
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.26323261
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.44231091
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9024.5986
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.71923134
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.1663.5326
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.2623.53071
LS精密化 シェル解像度: 1.301→1.335 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.206 149
Rwork0.155 6168
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. reflection obs: 83903 / Rfactor Rfree: 0.16 / Rfactor Rwork: 0.139
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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