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- PDB-1ow9: NMR Structure of the Active Conformation of the VS Ribozyme Cleav... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ow9
タイトルNMR Structure of the Active Conformation of the VS Ribozyme Cleavage Site
要素A mimic of the VS Ribozyme Hairpin Substrate
キーワードRNA / VS ribozyme / substrate hairpin / cleavage site / sheared G-A base pairs / shared sheared G-A base pairs / magnesium ion binding / GNRA tetraloop / riboze zipper
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / restrained molecular dynamics; simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Hoffmann, B. / Mitchell, G.T. / Gendron, P. / Major, F. / Andersen, A.A. / Collins, R.A. / Legault, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: NMR Structure of the Active Conformation of the Varkud satellite Ribozyme Cleavage Site
著者: Hoffmann, B. / Mitchell, G.T. / Gendron, P. / Major, F. / Andersen, A.A. / Collins, R.A. / Legault, P.
履歴
登録2003年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A mimic of the VS Ribozyme Hairpin Substrate


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4891
ポリマ－7,4891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 50structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: RNA鎖 A mimic of the VS Ribozyme Hairpin Substrate / SL1


分子量: 7488.577 Da / 分子数: 1 / 断片: VS RNA substrate hairpin / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence is derived from the Neurospora VS ribozyme substrate

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C/15N-edited HSQC-NOESY
1223D 13C-edited HMQC-NOESY
1332D 1H/15N CPMG-NOESY
1432D HNN-COSY
1542D H(CN)N(H)
1652D DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.1 mM RNA U-13C,15N; 10 mM d11-Tris pH 7.0; 50 mM NaCl; 0.2 mM EDTA; 0.05 mM NaN390% H2O/10% D2O
21.1 mM RNA U-13C,15N; 10 mM d11-Tris pH 7.0; 50 mM NaCl; 0.2 mM EDTA; 0.05 mM NaN3100% D2O
31.7 mM RNA U-15N; 10 mM d11-Tris pH 7.0; 50 mM NaCl; 0.2 mM EDTA; 0.05 mM NaN390% H2O/10% D2O
45.3 mM RNA U-15N; 10 mM d11-Tris pH 7.0; 50 mM NaCl; 0.2 mM EDTA; 0.05mM NaN390% H2O/10% D2O
51.7 mM RNA; 10 mM d11-Tris pH 7.0; 50 mM NaCl; 0.2 mM EDTA; 0.05 mM NaN3100% D2O
61.7 mM RNA; 10 mM d11-Tris pH 7.0; 50 mM NaCl; 0.2 mM EDTA; 0.05 mM NaN390% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 50mM NaCl / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.1Delaglio解析
NMRView5.03Johnsonデータ解析
X-PLOR3.84Brunger構造決定
MOLMOL2K.1Koradiデータ解析
X-PLOR3.84Brunger精密化
精密化手法: restrained molecular dynamics; simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the first model is the minimized average structure, the last 10 represent the ensemble of structures
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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