[日本語] English
万見
- PDB-1ow1: Crystal structure of the SPOC domain of the human transcriptional... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ow1
タイトルCrystal structure of the SPOC domain of the human transcriptional corepressor, SHARP.
要素SMART/HDAC1 associated repressor protein
キーワードTRANSCRIPTION / beta-alpha-barrel / SPOC domain
機能・相同性
機能・相同性情報


random inactivation of X chromosome / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / RHOBTB1 GTPase cycle / positive regulation of neurogenesis / Notch signaling pathway / transcription repressor complex / transcription corepressor activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding ...random inactivation of X chromosome / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / RHOBTB1 GTPase cycle / positive regulation of neurogenesis / Notch signaling pathway / transcription repressor complex / transcription corepressor activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
SHARP, RNA recognition motif 1 / SHARP, RNA recognition motif 2 / SHARP, RNA recognition motif 3 / SHARP, RNA recognition motif 4 / : / : / : / Msx2-interacting protein, RAM7 domain / Msx2-interacting protein, MID domain / Msx2-interacting protein, nuclear receptor-interacting domain ...SHARP, RNA recognition motif 1 / SHARP, RNA recognition motif 2 / SHARP, RNA recognition motif 3 / SHARP, RNA recognition motif 4 / : / : / : / Msx2-interacting protein, RAM7 domain / Msx2-interacting protein, MID domain / Msx2-interacting protein, nuclear receptor-interacting domain / Spen paralogue/orthologue C-terminal, metazoa / SPOC domain profile. / Ku70; Chain: A; Domain 2 - #10 / Ku70; Chain: A; Domain 2 / Spen paralogue and orthologue SPOC, C-terminal / SPOC domain / SPOC-like, C-terminal domain superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Msx2-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Schwabe, J.W. / Ariyoshi, M.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2003
タイトル: A conserved structural motif reveals the essential transcriptional repression function of Spen proteins and their role in developmental signaling
著者: Schwabe, J.W. / Ariyoshi, M.
履歴
登録2003年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SMART/HDAC1 associated repressor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3261
ポリマ－21,3261
非ポリマー00
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.300, 61.980, 68.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 SMART/HDAC1 associated repressor protein / Msx2 interacting nuclear target (MINT) homolog


分子量: 21325.590 Da / 分子数: 1 / 断片: SPOC domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rossetta BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q96T58
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG 4000, glycerol, Tris-HCl, NaCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
150 mMTris-HCl1reservoirpH7.5
230 %PEG40001reservoir
35 %glycerol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月3日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 16853 / Num. obs: 16853 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 9.7 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / Num. unique all: 1103 / Rsym value: 0.082 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 258694 / Rmerge(I) obs: 0.068
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Mean I/σ(I) obs: 5.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high rms absF: 1201298.27 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1674 10 %RANDOM
Rwork0.214 ---
all0.214 16731 --
obs0.214 16731 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.9783 Å2 / ksol: 0.389495 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.55 Å20 Å20 Å2
2--4.21 Å20 Å2
3----1.67 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a--0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1286 0 0 82 1368
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.41.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.252
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.152
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.272.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 261 9.7 %
Rwork0.201 2430 -
obs-2430 97.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.88
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る