[日本語] English
万見
- PDB-1ow0: Crystal structure of human FcaRI bound to IgA1-Fc -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ow0
タイトルCrystal structure of human FcaRI bound to IgA1-Fc
要素
  • Ig alpha-1 chain C region
  • Immunoglobulin alpha Fc receptor
キーワードIMMUNE SYSTEM / IgA1 / FcaRI / CD89 / antibody / Fc receptor / immunoglobulin-like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


IgA receptor activity / cellular response to interferon-alpha / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / Fc receptor signaling pathway / secretory IgA immunoglobulin complex / immune response-regulating signaling pathway / IgA binding / positive regulation of neutrophil apoptotic process / IgA immunoglobulin complex ...IgA receptor activity / cellular response to interferon-alpha / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / Fc receptor signaling pathway / secretory IgA immunoglobulin complex / immune response-regulating signaling pathway / IgA binding / positive regulation of neutrophil apoptotic process / IgA immunoglobulin complex / glomerular filtration / neutrophil activation / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to interleukin-6 / neutrophil mediated immunity / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin complex, circulating / positive regulation of respiratory burst / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / complement activation, classical pathway / Scavenging of heme from plasma / specific granule membrane / antigen binding / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / cellular response to type II interferon / antibacterial humoral response / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / blood microparticle / adaptive immune response / immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant alpha 1 / Immunoglobulin alpha Fc receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Herr, A.B. / Ballister, E.R. / Bjorkman, P.J.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2003
タイトル: Insights into IgA-mediated immune responses from the crystal structures of human Fc-alpha-RI and its complex with IgA1-Fc
著者: Herr, A.B. / Ballister, E.R. / Bjorkman, P.J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Bivalent Binding of IgA1 to FcaRI Suggests a Mechanism for Cytokine Activation of IgA Phagocytosis
著者: Herr, A.B. / White, C.L. / Milburn, C. / Wu, C. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録2003年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ig alpha-1 chain C region
B: Ig alpha-1 chain C region
C: Immunoglobulin alpha Fc receptor
D: Immunoglobulin alpha Fc receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,37014
ポリマ－93,6844
非ポリマー8,68610
水00
1
A: Ig alpha-1 chain C region
B: Ig alpha-1 chain C region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5564
ポリマ－46,4532
非ポリマー3,1032
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6630 Å2
ΔGint41 kcal/mol
Surface area20020 Å2
手法PISA
2
C: Immunoglobulin alpha Fc receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4075
ポリマ－23,6161
非ポリマー2,7924
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
D: Immunoglobulin alpha Fc receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4075
ポリマ－23,6161
非ポリマー2,7924
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14790 Å2
ΔGint98 kcal/mol
Surface area40560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.987, 142.987, 67.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
詳細The biological assembly state is a dimer of chains A and B, which are related by 2-fold NCS. / The biological assembly state is a monomer.

-
要素

-
抗体 / タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: 抗体 Ig alpha-1 chain C region


分子量: 23226.391 Da / 分子数: 2 / 断片: Fc region / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHA1 / プラスミド: pBJ5GS-MCS3
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): Chinese hamster ovary cells / 参照: UniProt: P01876
#2: タンパク質 Immunoglobulin alpha Fc receptor / IgA Fc receptor / CD89 antigen


分子量: 23615.742 Da / 分子数: 2 / 断片: ectodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCAR OR CD89 / プラスミド: pAcGP67 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High 5 insect cells / 参照: UniProt: P24071

-
糖 , 6種, 10分子

#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1551.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpb1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O][a1221m-1b_1-5]/1-1-2-2-1-3-4-5/a4-b1_a6-h1_b4-c1_c6-d1_d2-e1_e4-f1_f3-g2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1551.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpb1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-2-1-3-4-5/a4-b1_a6-h1_b4-c1_c6-d1_d2-e1_e4-f1_f3-g2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpb1-6]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAca1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-2-3/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DManpb1-2DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-2-2/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d2-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.3 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: magnesium sulfate heptahydrate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 %PEG80001reservoir
20.1 MMES1reservoirpH6.0
31.7-1.85 Mmagnesium sulfate1drop
40.1 MMES1droppH6.5-6.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年5月4日
放射モノクロメーター: single crystal Si(311) bent monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. all: 27807 / Num. obs: 27262 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 73.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1998 / % possible all: 71.6
反射
*PLUS
Num. obs: 27807 / Num. measured all: 213861
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 71.6 % / Rmerge(I) obs: 0.31

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1DN2, 1OVZ

1dn2

1ovz


解像度: 3.1→29.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 1300 4.9 %RANDOM
Rwork0.252 ---
all0.252 27807 --
obs0.252 26684 95.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.6167 Å2 / ksol: 0.292762 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 98.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.85 Å217.44 Å20 Å2
2--17.85 Å20 Å2
3----35.71 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.46 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.77 Å0.79 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5698 0 582 0 6280
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.29
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.041 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.425 109 5.8 %
Rwork0.401 1760 -
obs--67.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 30 Å / Rfactor Rwork: 0.251
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.52
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.29

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る