[日本語] English
万見
- PDB-1ovo: CRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT OF JAPANESE QUAIL OVOMUCOID, A KAZAL-... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ovo
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT OF JAPANESE QUAIL OVOMUCOID, A KAZAL-TYPE INHIBITOR, AND MODEL BUILDING STUDIES OF COMPLEXES WITH SERINE PROTEASES
要素OVOMUCOID THIRD DOMAIN
キーワードPROTEINASE INHIBITOR (KAZAL)
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I1, Kazal-type, metazoa / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Coturnix japonica (ウズラ)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Weber, E. / Papamokos, E. / Bode, W. / Huber, R. / Kato, I. / Laskowskijunior, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Crystallographic refinement of Japanese quail ovomucoid, a Kazal-type inhibitor, and model building studies of complexes with serine proteases.
著者: Papamokos, E. / Weber, E. / Bode, W. / Huber, R. / Empie, M.W. / Kato, I. / Laskowski Jr., M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1983
タイトル: The Geometry of the Reactive Site and of the Peptide Groups in Trypsin, Trypsinogen and its Complexes with Inhibitors
著者: Marquart, M. / Walter, J. / Deisenhofer, J. / Bode, W. / Huber, R.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981
タイトル: Crystallization,Crystal Structure Analysis and Molecular Model of the Third Domain of Japanese Quail Ovomucoid,A Kazal Type Inhibitor
著者: Weber, E. / Papamokos, E. / Bode, W. / Huber, R. / Kato, I. / Laskowskijunior, M.
履歴
登録1982年1月18日処理サイト: BNL
改定 1.01982年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: OVOMUCOID THIRD DOMAIN
B: OVOMUCOID THIRD DOMAIN
C: OVOMUCOID THIRD DOMAIN
D: OVOMUCOID THIRD DOMAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2714
ポリマ－24,2714
非ポリマー00
水82946
1
A: OVOMUCOID THIRD DOMAIN
B: OVOMUCOID THIRD DOMAIN

A: OVOMUCOID THIRD DOMAIN
B: OVOMUCOID THIRD DOMAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2714
ポリマ－24,2714
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area5660 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area10670 Å2
手法PISA, PQS
2
C: OVOMUCOID THIRD DOMAIN

C: OVOMUCOID THIRD DOMAIN

C: OVOMUCOID THIRD DOMAIN

C: OVOMUCOID THIRD DOMAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2714
ポリマ－24,2714
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_645-y+3/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_565y+1/2,-x+3/2,z1
手法PQS
3
D: OVOMUCOID THIRD DOMAIN

D: OVOMUCOID THIRD DOMAIN

D: OVOMUCOID THIRD DOMAIN

D: OVOMUCOID THIRD DOMAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2714
ポリマ－24,2714
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_645-y+3/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_565y+1/2,-x+3/2,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.000, 92.000, 64.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Atom site foot note1: SEE REMARK 5. / 2: RESIDUE 12 OF EACH CHAIN IS A CIS-PROLINE.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.3714, -0.5829, -0.7226), (-0.4603, 0.5603, -0.6886), (0.8064, 0.5885, -0.0602)79.05, 63.26, -32.97
2given(0.3847, -0.9228, -0.0174), (-0.9222, -0.3851, 0.0222), (-0.0273, 0.0075, -0.9996)100.13, 147.39, 131.37
詳細THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE INDIVIDUAL DOMAINS IN THIS ENTRY. MTRIX 1 RELATES CHAIN A TO CHAIN B BY A PSEUDO-FOUR-FOLD ROTATION. MTRIX 2 RELATES CHAIN C TO CHAIN D BY A PSEUDO-TWO-FOLD ROTATION. SEE REFERENCE 2 ABOVE FOR A COMPLETE DESCRIPTION OF THESE SYMMETRY AXES. THESE MATRICES WERE OBTAINED BY COMPARING THE BACKBONE AND CB ATOMS OF THE MOLECULES. (THE FIRST SIX RESIDUES WERE EXCLUDED FROM THIS CALCULATION.)

-
要素

#1: タンパク質
OVOMUCOID THIRD DOMAIN


分子量: 6067.842 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coturnix japonica (ウズラ) / 参照: UniProt: P01003
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE MATERIAL USED IS POLYMORPHIC WITH 20 PER CENT GLY 32 AND 80 PER CENT SER 32. IT IS PREMATURE AT ...THE MATERIAL USED IS POLYMORPHIC WITH 20 PER CENT GLY 32 AND 80 PER CENT SER 32. IT IS PREMATURE AT THE PRESENT STAGE OF THE ANALYSIS TO DRAW CONCLUSIONS ABOUT AN ORDERED ARRANGEMENT OF THE VARIANTS IN THE CRYSTAL. THE MAJOR POLYMORPH HAS BEEN ASSIGNED TO THE FOUR DOMAINS IN THIS ENTRY.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.88 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 9.5 / 手法: unknown / 詳細: Weber, E., (1981) J.Mol.Biol., 149, 109.
溶液の組成
*PLUS
濃度: 0.96-1.0 M / 一般名: citrate

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 19537 / % possible obs: 75 % / Num. measured all: 63795 / Rmerge(I) obs: 0.084

-
解析

ソフトウェア名称: REAL-SPACE / バージョン: REFINEMENT / 分類: 精密化
精密化最高解像度: 1.9 Å
詳細: AN OCCUPANCY OF 0.0 INDICATES THAT NO SIGNIFICANT ELECTRON DENSITY WAS FOUND IN THE FINAL FOURIER MAP.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1684 0 0 46 1730
精密化
*PLUS
最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 15980 / Rfactor obs: 0.207
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る