[日本語] English
万見
- PDB-1oup: Crystal structure of the periplasmic endonuclease Vvn complexed w... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oup
タイトルCrystal structure of the periplasmic endonuclease Vvn complexed with octamer double stranded DNA
要素
  • 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3'
  • 5'-D(P*GP*C)-3'
  • Nuclease
キーワードHYDROLASE/DNA / Non-specific endonuclease / beta-beta-alpha metal motif / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribonuclease I / deoxyribonuclease I activity / endonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Endonuclease I / Endonuclease I / His-Me finger superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Endonuclease I / Endonuclease I
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yuan, H.S. / Li, C.-L.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: DNA binding and cleavage by the periplasmic nuclease Vvn: a novel structure with a known active site.
著者: Li, C.-L. / Hor, L.-I. / Chang, Z.-F. / Tsai, L.-C. / Yang, W.-Z. / Yuan, H.S.
履歴
登録2003年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: refine_ls_shell
Item: _refine_ls_shell.number_reflns_obs / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3'
E: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*C)-3'
G: 5'-D(P*GP*C)-3'
F: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3'
A: Nuclease
B: Nuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2499
ポリマ－59,1697
非ポリマー802
水5,909328
1
C: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3'
B: Nuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6474
ポリマ－29,6073
非ポリマー401
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*C)-3'
G: 5'-D(P*GP*C)-3'
F: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3'
A: Nuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6025
ポリマ－29,5624
非ポリマー401
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.74, 50.11, 89.61
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Two protein/DNA complexes per asymmetry uint. Chains A,E,F are enzyme/product complex. Chains B,C,D are enzyme/substrate complex

-
要素

-
DNA鎖 , 3種, 5分子 CDFEG

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3'


分子量: 2427.605 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*C)-3'


分子量: 1809.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(P*GP*C)-3'


分子量: 573.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#4: タンパク質 Nuclease / VVN Nuclease


分子量: 24751.709 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 19-231 / Mutation: H80A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / プラスミド: pTYB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: Q8DCA6, UniProt: Q7MHK3*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 2種, 330分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: PEG3350, Calcium acetate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG335011
2Calcium acetate11
3PEG335012
4Calcium acetate12
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 %1reservoir
20.2 Mcalcium acetate1reservoir
31
41

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 0.9065 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9065 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 21213 / Num. obs: 21165 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Rsym value: 0.282 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 157796 / Rmerge(I) obs: 0.073
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.282

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SeMet-Vvn

解像度: 2.3→19.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1616 7.8 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all-21279 --
obs-20729 97.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.7232 Å2 / ksol: 0.332758 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.45 Å20 Å23.92 Å2
2---0.99 Å20 Å2
3----5.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3450 645 2 328 4425
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.14
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.451.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.292
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.092
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.042.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 264 8 %
Rwork0.201 3025 -
obs-953 -
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA-VVN.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. reflection obs: 19113 / Rfactor Rfree: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.35
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.14

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る