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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ot3
タイトルCrystal structure of Drosophila deoxyribonucleotide kinase complexed with the substrate deoxythymidine
要素Deoxyribonucleoside Kinase
キーワードTRANSFERASE / protein-deoxynucleoside complex
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxynucleoside kinase / Pyrimidine salvage / deoxynucleoside kinase activity / nucleoside salvage / uridine kinase activity / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / thymidine kinase activity / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity ...deoxynucleoside kinase / Pyrimidine salvage / deoxynucleoside kinase activity / nucleoside salvage / uridine kinase activity / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / thymidine kinase activity / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / cytidine kinase activity / DNA biosynthetic process / kinase activity / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxynucleoside kinase / : / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE / Deoxynucleoside kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mikkelsen, N.E. / Johansson, K. / Karlsson, A. / Knecht, W. / Andersen, G. / Piskur, J. / Munch-Petersen, B. / Eklund, H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Structural Basis for Feedback Inhibition of the Deoxyribonucleoside Salvage Pathway: Studies of the Drosophila Deoxyribonucleoside Kinase.
著者: Mikkelsen, N.E. / Johansson, K. / Karlsson, A. / Knecht, W. / Andersen, G. / Piskur, J. / Munch-Petersen, B. / Eklund, H.
履歴
登録2003年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年5月28日Group: Other
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyribonucleoside Kinase
B: Deoxyribonucleoside Kinase
C: Deoxyribonucleoside Kinase
D: Deoxyribonucleoside Kinase
E: Deoxyribonucleoside Kinase
F: Deoxyribonucleoside Kinase
G: Deoxyribonucleoside Kinase
H: Deoxyribonucleoside Kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,82025
ポリマ－233,0188
非ポリマー2,80217
水5,585310
1
A: Deoxyribonucleoside Kinase
B: Deoxyribonucleoside Kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0277
ポリマ－58,2552
非ポリマー7735
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area17800 Å2
手法PISA
2
C: Deoxyribonucleoside Kinase
D: Deoxyribonucleoside Kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9316
ポリマ－58,2552
非ポリマー6774
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area17430 Å2
手法PISA
3
E: Deoxyribonucleoside Kinase
F: Deoxyribonucleoside Kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9316
ポリマ－58,2552
非ポリマー6774
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area17410 Å2
手法PISA
4
G: Deoxyribonucleoside Kinase
H: Deoxyribonucleoside Kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9316
ポリマ－58,2552
非ポリマー6774
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area17650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.379, 71.158, 226.272
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Deoxyribonucleoside Kinase / Dm-dNK


分子量: 29127.254 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: pGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9XZT6, deoxynucleoside kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-THM / THYMIDINE / DEOXYTHYMIDINE / 2'-DEOXYTHYMIDINE / チミジン


タイプ: DNA OH 5 prime terminus / 分子量: 242.229 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N2O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.14 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulfate, MPEG5000, PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
結晶化
*PLUS
温度: 14 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.1 MMES1reservoirpH6.5
20.2 Mammonium sulfate1reservoir
318-22 %(w/v)MPEG50001reservoir
45-10 %(w/v)PEG4001reservoir
55-10 mg/mlprotein1drop
65 mMdT1dropor dTTP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.93927 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月28日
放射モノクロメーター: DIAMOND CRYSTALS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. all: 77914 / Num. obs: 70001 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 54.664 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 7680 / Rsym value: 0.236 / % possible all: 68.1
反射
*PLUS
最低解像度: 70 Å / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.64 Å / % possible obs: 98.1 % / Rmerge(I) obs: 0.236

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J90

1j90


解像度: 2.5→25 Å / σ(F): 1.8 / σ(I): 1.8 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2764 3560 -RANDOM
Rwork0.227 ---
all-77914 --
obs-70001 89.8 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.087 Å20 Å214.047 Å2
2---9.358 Å20 Å2
3---12.445 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12847 0 181 310 13338
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4921.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.5752
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9412
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9732.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3843 304
Rwork0.3184 -
obs-6107
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5thm_xplor_paramthm_xplor_top
精密化
*PLUS
最低解像度: 70 Å / Rfactor Rfree: 0.276
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.994

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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