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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1osn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Varicella zoster virus thymidine kinase in complex with BVDU-MP and ADP | ||||||
![]() | Thymidine kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / human herpes virus 3 / chickenpox / thymidine kinase / BVDU-MP | ||||||
機能・相同性 | ![]() TMP biosynthetic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bird, L.E. / Ren, J. / Wright, A. / Leslie, K.D. / Degreve, B. / Balzarini, J. / Stammers, D.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of varicella zoster virus thymidine kinase 著者: Bird, L.E. / Ren, J. / Wright, A. / Leslie, K.D. / Degreve, B. / Balzarini, J. / Stammers, D.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 255.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 207 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1e2kS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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詳細 | There are two biological dimers in the asymmetric unit |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37880.844 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Varicellovirus / プラスミド: pGEX6p1VZV-TK / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ADP / #3: 化合物 | ChemComp-BVP / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.42 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 20000, sodium acetate, ATP, BVDU, MgCl2, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 167134 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 77.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Net I/σ(I): 4.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 2925 / % possible all: 99.6 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 30040 / Num. measured all: 167134 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.6 % / Num. unique obs: 2925 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: HSV-1 TK (1e2k) 解像度: 3.2→29.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1354083.96 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 22.1894 Å2 / ksol: 0.270284 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→29.78 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.267 / Rfactor Rwork: 0.236 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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