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- PDB-1osd: crystal structure of Oxidized MerP from Ralstonia metallidurans CH34 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1osd
タイトルcrystal structure of Oxidized MerP from Ralstonia metallidurans CH34
要素hypothetical protein MerP
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Mercury resistance / Perisplasm / structural genomics
機能・相同性Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Cupriavidus metallidurans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Serre, L. / Rossy, E. / Pebay-Peyroula, E. / Cohen-Addad, C. / Coves, J.
引用ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of the Oxidized Form of the Periplasmic Mercury-binding Protein MerP from Ralstonia metallidurans CH34
著者: Serre, L. / Rossy, E. / Pebay-Peyroula, E. / Cohen-Addad, C. / Coves, J.
履歴
登録2003年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年7月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / struct_biol / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein MerP
B: hypothetical protein MerP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0612
ポリマ－15,0612
非ポリマー00
水2,252125
1
A: hypothetical protein MerP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5311
ポリマ－7,5311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: hypothetical protein MerP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5311
ポリマ－7,5311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.810, 52.612, 60.006
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 70 / Label seq-ID: 1 - 70

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein MerP / MerP


分子量: 7530.622 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-72 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus metallidurans (バクテリア)
遺伝子: MerP / プラスミド: pET-3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: GenBank: 22980851
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEGMME5000, Sodium acetate, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: osmic multi-layer mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 9437 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 655 / Rsym value: 0.282 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
BEAST位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1AFI

1afi


解像度: 2→39.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 5.418 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26754 938 9.9 %RANDOM
Rwork0.1923 ---
all0.19976 ---
obs0.1997 8498 96.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.569 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1090 0 0 125 1215
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0340.0221103
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021043
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3061.9711496
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.21332466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1365142
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021157
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02177
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2234
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2550.21198
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.2744
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2150.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2880.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1480.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4841.5728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.27321209
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5933375
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7974.5287
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
412medium positional0.180.5
511loose positional0.535
412medium thermal1.472
511loose thermal2.1610
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.44 71
Rwork0.255 599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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