ソフトウェア 名称 バージョン 分類 CNS1 精密化 d*TREKデータ削減 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング CNS位相決定
精密化 構造決定の手法 : 多波長異常分散 / 解像度 : 1.8→41.07 Å / Rfactor Rfree error : 0.003 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / 立体化学のターゲット値 : Engh & HuberRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.225 4203 10 % RANDOM Rwork 0.196 - - - all 0.198 41997 - - obs 0.198 41997 97.3 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 49.6143 Å2 / ksol : 0.377145 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 23.2 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 6.92 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - -5.86 Å2 0 Å2 3- - - -1.06 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.22 Å 0.19 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.17 Å 0.16 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.8→41.07 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2929 0 18 365 3312
拘束条件 大きな表を表示 (4 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.005 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.3 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d24.7 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d0.74 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it1.33 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it2.04 2 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it2.48 2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it3.83 2.5
LS精密化 シェル 解像度 : 1.8→1.88 Å / Rfactor Rfree error : 0.011 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.327 895 10.4 % Rwork 0.293 5820 - obs - 8039 92.1 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION 2 WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION 3 ION.PARAMION.TOP