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- PDB-1orl: 1H NMR structure determination of Viscotoxin C1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1orl
タイトル1H NMR structure determination of Viscotoxin C1
要素Viscotoxin C1
キーワードTOXIN / helix-turn-helix / beta-sheet / concentric motif of disulphide bridges
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thionin-like / Thionin / Thionin-like superfamily / Plant thionin / Plant thionins signature. / Crambin / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Viscotoxin-B / Viscotoxin-C1
類似検索 - 構成要素
生物種Viscum album (ヤドリギ)
手法溶液NMR / DYANA was employed for structure determination Discover was employed for energy minimisation of DYANA structures
データ登録者Molinari, H. / Romagnoli, S. / Fogolari, F. / Catalano, M. / Urech, K. / Giannattasio, M. / Ragona, L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: NMR solution structure of viscotoxin C1 from Viscum album species Coloratum ohwi: toward a structure-function analysis of viscotoxins.
著者: Romagnoli, S. / Fogolari, F. / Catalano, M. / Zetta, L. / Schaller, G. / Urech, K. / Giannattasio, M. / Ragona, L. / Molinari, H.
#1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2000
タイトル: NMR structural determination of viscotoxin A3 from Viscum album L.
著者: Molinari, H. / Romagnoli, S. / Fogolari, F. / Catalano, M. / Urech, K. / Giannattasio, M. / Ragona, L.
履歴
登録2003年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
Remark 999sequence The author indicated that the primary sequence for this protein has not yet been deposited ...sequence The author indicated that the primary sequence for this protein has not yet been deposited in any sequence database.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Viscotoxin C1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9551
ポリマ－4,9551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 600structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Viscotoxin C1


分子量: 4954.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: viscotoxin C1 has been isolated from european mistletoe leaves
由来: (天然) Viscum album (ヤドリギ) / 参照: UniProt: P08943, UniProt: P83554*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D TOCSY
1212D NOESY
131DQF-COSY
2412D TOCSY
2512D NOESY
261DQF-COSY
1722D TOCSY
1822D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 1H 2D NMR techniques

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7 mM viscotoxin B; phosphate buffer pH 3.6 50mM; 90%H20, 10% D2O90%H20, 10% D2O
20.7 mM viscotoxin B; phosphate buffer pH 3.6 50mM; D2OD2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150mM phosphate buffer 3.6ambient 285 K
250mM phosphate buffer 3.6ambient 295 K
350mM deuterated phosphate buffer 3.6ambient 285 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DMXBrukerDMX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.4Guentert構造決定
Discover1997 versionMolecular Simulations, san Diego, CA, USA構造決定
XwinNMR2.6Bruker解析
XEASY1.3Xia and Bartelsデータ解析
Discover1997 versionMolecular Simulations, san Diego, CA, USA精密化
精密化手法: DYANA was employed for structure determination Discover was employed for energy minimisation of DYANA structures
ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 691 restraints. 631 are NOE-derived distance restraints,(224intraresidues,159 short range, 125 medium range and 123 long range), 18 dihedral angle ...詳細: the structures are based on a total of 691 restraints. 631 are NOE-derived distance restraints,(224intraresidues,159 short range, 125 medium range and 123 long range), 18 dihedral angle restraints, 24 for backbone H-bonds and 18 for disulphide bridges. Bond lengths CD-OE2 in glutamic acid residues and CG-OD2 in aspartic acid residues are larger than typical values (as seen in remark 500) because protonated forms were considered due to the low experimental pH.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 600 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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