PDB-1ore: Human Adenine Phosphoribosyltransferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ore

タイトル

Human Adenine Phosphoribosyltransferase

要素

Adenine phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Human Adenine Phosphoribosyltransferase / Leishmaniasis / Urolithiasis / glycosyl transferase / Purine salvage

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective APRT disrupts adenine salvage / adenine binding / adenine salvage / adenine phosphoribosyltransferase activity / adenine phosphoribosyltransferase / GMP salvage / grooming behavior / Purine salvage / IMP salvage / AMP salvage ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Thiemann, O.H. / Silva, M. / Oliva, G. / Silva, C.H.T.P. / Iulek, J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Three-dimensional structure of human adenine phosphoribosyltransferase and its relation to DHA-urolithiasis.
著者: Silva, M. / Silva, C.H.T.P. / Iulek, J. / Thiemann, O.H.

履歴

登録	2003年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ore.cif.gz	53.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ore.ent.gz	38.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ore.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/1ore ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/1ore	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6fd4-d 1zn7-d 5k1w-d 6hgq-1 5yw5-2 6hgr-d 4okm-3 6fci-2 6fcl-d 6sud-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (5) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (5)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

A: Adenine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.309, 58.309, 109.535
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

詳細

The biological assembly is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation: 1-y, 1-x, -z+1/2.

#1: タンパク質	Adenine phosphoribosyltransferase / APRT 分子量: 19629.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APRT / プラスミド: pET29a(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07741, adenine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.38 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15.0 % (V/V) glycerol, 25.5 % (w/V) polyethylene glycol 4000, 0.17 mol/L sodium acetate and 0.085 mol/L Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

結晶化

*PLUS

温度: 291 K / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	15.0 %(v/v)	glycerol	1	reservoir
2	25.5 %(w/v)	PEG4000	1	reservoir
3	0.17 M	sodium acetate	1	reservoir
4	0.085 M	Tris-HCl	1	reservoir	pH8.5
5	6 mg/ml	protein	1	drop
6	2 mM	AMP	1	drop
7	20 mM	Tris-HCl	1	drop	pH7.4
8	5 mM		1	drop		MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.4538 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年8月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.4538 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 11527 / Num. obs: 11527 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射	PLUS 最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 95875 / R_merge(I) obs*: 0.04
反射シェル	PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.22 Å / % possible obs: 97 % / R_merge(I) obs*: 0.112

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MAR345		データ収集
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 3.206 / SU ML: 0.087 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1763	554	4.8 %	RANDOM
R_work	0.13318	-	-	-
all	0.13514	-	-	-
obs	0.13514	10948	99.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.479 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1350	0	24	198	1572

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1392
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.618	2.018	1980
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.91	3	3235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.249	5	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	232
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1575
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	277
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	373
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.25	0.2	1609
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.121	0.2	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.185	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.306	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.173	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.859	1.5	898
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.521	2	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.26	3	558
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.65	4.5	529
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.156 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.257	40
R_work	0.134	741

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 18.038 Å / Origin y: 26.693 Å / Origin z: 21.495 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0564 Å²	0.0133 Å²	0.0226 Å²	-	0.0563 Å²	0.0064 Å²	-	-	0.0106 Å²
L	0.891 °²	0.1649 °²	-0.1269 °²	-	1.0837 °²	-0.865 °²	-	-	1.6506 °²
S	-0.0837 Å °	0.1184 Å °	-0.0589 Å °	-0.0928 Å °	0.0479 Å °	0.0488 Å °	0.1749 Å °	-0.0916 Å °	0.0358 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 180	2 - 180
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	B	2001	2 - 1
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	C	1001	1
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	D	2002 - 2199	1 - 198

精密化

*PLUS

最低解像度: 40 Å / R_factor R_free: 0.176 / R_factor R_work: 0.133

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.618

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 2.102 Å

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)