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万見
- PDB-1orb: ACTIVE SITE STRUCTURAL FEATURES FOR CHEMICALLY MODIFIED FORMS OF ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1orb
タイトルACTIVE SITE STRUCTURAL FEATURES FOR CHEMICALLY MODIFIED FORMS OF RHODANESE
要素CARBOXYMETHYLATED RHODANESE
キーワードSULFURTRANSFERASE / THIOSULFATE:CYANIDE SULFURTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA transport / 3-mercaptopyruvate sulfurtransferase activity / thiosulfate sulfurtransferase / thiosulfate sulfurtransferase activity / rRNA import into mitochondrion / 5S rRNA binding / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Sulfurtransferase TST/MPST-like / Rhodanese signature 1. / Rhodanese C-terminal signature. / Thiosulphate sulfurtransferase, conserved site / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily ...Sulfurtransferase TST/MPST-like / Rhodanese signature 1. / Rhodanese C-terminal signature. / Thiosulphate sulfurtransferase, conserved site / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Thiosulfate sulfurtransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gliubich, F. / Gazerro, M. / Zanotti, G. / Delbono, S. / Berni, R.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Active site structural features for chemically modified forms of rhodanese.
著者: Gliubich, F. / Gazerro, M. / Zanotti, G. / Delbono, S. / Bombieri, G. / Berni, R.
#1: ジャーナル: Fundam.Appl.Toxicol. / 年: 1983
タイトル: The High Resolution Three-Dimensional Structure of Bovine Liver Rhodanese
著者: Hol, W.G.J. / Lijk, L.J. / Kalk, K.H.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: The Structure of Bovine Liver Rhodanese: The Active Site in the Sulfur-Substituted and the Sulfur-Free Enzyme
著者: Ploegman, J.H. / Drent, G. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.J.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1978
タイトル: The Covalent and Tertiary Structure of Bovine Liver Rhodanese
著者: Ploegman, J.H. / Drent, G. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.J. / Heinrikson, W.G.J. / Keim, R.L. / Weng, P.S. / Russel, J.
履歴
登録1995年7月24日処理サイト: BNL
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBOXYMETHYLATED RHODANESE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2682
ポリマ－33,2091
非ポリマー591
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)156.230, 49.040, 42.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 CARBOXYMETHYLATED RHODANESE


分子量: 33208.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00586, thiosulfate sulfurtransferase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細COMPND MOLECULE: CARBOXYMETHYLATED RHODANESE. CARBOXYMETHYLATED AT CYS 247.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.92 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.8-1.9 Mammonium salfate1reservoir
230 mMsodium phosphate1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年12月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.097
反射
*PLUS
Num. obs: 13451 / % possible obs: 61 % / Num. measured all: 25157 / Rmerge(I) obs: 0.097

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
SAINTデータ削減
精密化解像度: 2→9 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.187 13451
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2330 0 0 102 2432
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3.1
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d19.1
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.007
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.02
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg19.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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