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- PDB-1oqe: Crystal structure of sTALL-1 with BAFF-R -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oqe
タイトルCrystal structure of sTALL-1 with BAFF-R
要素
  • Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
キーワードIMMUNE SYSTEM / ligand receptor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell costimulation / positive regulation of germinal center formation / TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / transitional one stage B cell differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / germinal center formation / skin development / B cell homeostasis / B cell proliferation ...B cell costimulation / positive regulation of germinal center formation / TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / transitional one stage B cell differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / germinal center formation / skin development / B cell homeostasis / B cell proliferation / T cell proliferation / T cell costimulation / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / cytokine activity / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / signaling receptor activity / adaptive immune response / receptor ligand activity / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 13C, TALL-1 binding domain / Tumour necrosis factor receptor 13C / BAFF-R, TALL-1 binding / Tumor necrosis factor receptor 13C/17 / : / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily ...Tumour necrosis factor receptor 13C, TALL-1 binding domain / Tumour necrosis factor receptor 13C / BAFF-R, TALL-1 binding / Tumor necrosis factor receptor 13C/17 / : / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhang, G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2003
タイトル: Ligand-receptor binding revealed by the TNF family member TALL-1.
著者: Liu, Y. / Hong, X. / Kappler, J. / Jiang, L. / Zhang, R. / Xu, L. / Pan, C.H. / Martin, W.E. / Murphy, R.C. / Shu, H.B. / Dai, S. / Zhang, G.
履歴
登録2003年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form
C: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form
D: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form
E: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form
F: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form
G: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form
H: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form
I: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form
J: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form
K: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
L: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
M: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
N: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
O: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
P: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Q: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,37518
ポリマ－189,37518
非ポリマー00
水00
1
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form
C: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form
D: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form
E: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form
F: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form
G: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form
H: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form
I: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form
J: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form
K: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
L: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
M: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
N: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
O: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
P: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Q: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,136,248108
ポリマ－1,136,248108
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/21
crystal symmetry operation11_554-x+y,y,-z-1/21
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/21
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)233.261, 233.261, 211.286
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form / TNF-and APOL- related leukocyte expressed ligand 1 / TALL-1 / B lymphocyte stimulator / BLyS / B ...TNF-and APOL- related leukocyte expressed ligand 1 / TALL-1 / B lymphocyte stimulator / BLyS / B cell-activating factor / BAFF / Dendritic cell- derived TNF-like molecule


分子量: 16244.602 Da / 分子数: 10 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y275
#2: タンパク質・ペプチド
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C / B cell-activating factor receptor / BAFF receptor / BAFF-R / BLyS receptor


分子量: 3366.074 Da / 分子数: 8 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96RJ3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.91 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: dioxane, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Liu, Y., (2002) Cell, 108, 383.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein1drop
25 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir
350 mMBicine1reservoirpH9.0
4150 mM1reservoirNaCl
535-38 %dioxane1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 121940 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 32.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / % possible all: 90
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 1415809 / Rmerge(I) obs: 0.135
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1947 2 %RANDOM
Rwork0.244 ---
all0.287 ---
obs0.264 98973 85.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.7371 Å2 / ksol: 0.339398 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.13 Å26.32 Å20 Å2
2--2.13 Å20 Å2
3----4.26 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13240 0 0 0 13240
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 246 2.1 %
Rwork0.365 11706 -
obs--62.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CARBOHYDRATE.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.265 / Rfactor Rwork: 0.245
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg27.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.93
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.437 / Rfactor Rwork: 0.46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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