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- PDB-1op8: Crystal Structure of Human Granzyme A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1op8
タイトルCrystal Structure of Human Granzyme A
要素Granzyme A
キーワードHYDROLASE / Granzyme A / Serine proteinase / Apoptosis
機能・相同性
機能・相同性情報


granzyme A / negative regulation of endodeoxyribonuclease activity / cytotoxic T cell pyroptotic cell death / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / negative regulation of oxidoreductase activity / negative regulation of DNA binding / pyroptotic inflammatory response / immunological synapse / proteolysis involved in protein catabolic process / protein maturation ...granzyme A / negative regulation of endodeoxyribonuclease activity / cytotoxic T cell pyroptotic cell death / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / negative regulation of oxidoreductase activity / negative regulation of DNA binding / pyroptotic inflammatory response / immunological synapse / proteolysis involved in protein catabolic process / protein maturation / response to bacterium / killing of cells of another organism / immune response / positive regulation of apoptotic process / serine-type endopeptidase activity / apoptotic process / protein homodimerization activity / extracellular space / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hink-Schauer, C. / Estebanez-Perpina, E. / Bode, W. / Jenne, D.
引用ジャーナル: NAT.STRUCT.BIOL. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the apoptosis-inducing human granzyme A dimer
著者: Hink-Schauer, C. / Estebanez-Perpina, E. / Kurschus, F. / Bode, W. / Jenne, D.
履歴
登録2003年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Granzyme A
B: Granzyme A
C: Granzyme A
D: Granzyme A
E: Granzyme A
F: Granzyme A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,28318
ポリマ－155,1306
非ポリマー1,15312
水12,701705
1
A: Granzyme A
B: Granzyme A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1907
ポリマ－51,7102
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area21840 Å2
手法PISA
2
C: Granzyme A
D: Granzyme A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0946
ポリマ－51,7102
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area21590 Å2
手法PISA
3
E: Granzyme A
F: Granzyme A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9985
ポリマ－51,7102
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area21860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.480, 94.550, 94.870
Angle α, β, γ (deg.)117.12, 100.25, 100.12
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Granzyme A


分子量: 25855.055 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12544, granzyme A
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 705 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化
*PLUS
pH: 4.7 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.1-0.3 Mammonium sulfate11
20.1 Msodium acetate11pH4.7
330-40 %(v/v)PEG550 MME11
45.6-11.2 mg/mlprotein12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 46779 / Num. obs: 44569 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル解像度: 2.5→20 Å / Rmerge(I) obs: 0.045 / Num. unique all: 44569 / % possible all: 85
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % possible obs: 85.1 % / Num. measured all: 49835
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→20 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数
Rfree0.2843 4496
Rwork0.2182 -
all-49835
obs-44564
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10843 0 60 705 11608
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 40073 / Rfactor Rfree: 0.284 / Rfactor Rwork: 0.217
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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