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万見
- PDB-1ooi: Crystal structure of LUSH from Drosophila melanogaster at pH 6.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ooi
タイトルCrystal structure of LUSH from Drosophila melanogaster at pH 6.5
要素odorant binding protein LUSH
キーワードTRANSPORT PROTEIN / LUSH / Alcohol / Odorant-Binding Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


diphenyl phthalate binding / dibutyl phthalate binding / courtship behavior / response to pheromone / olfactory behavior / pheromone binding / odorant binding / sensory perception of smell / response to ethanol / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pheromone/general odorant binding protein domain / Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
General odorant-binding protein lush
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Kruse, S.W. / Zhao, R. / Smith, D.P. / Jones, D.N.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure of a specific alcohol-binding site defined by the odorant binding protein LUSH from Drosophila melanogaster
著者: Kruse, S.W. / Zhao, R. / Smith, D.P. / Jones, D.N.M.
履歴
登録2003年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: odorant binding protein LUSH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2161
ポリマ－14,2161
非ポリマー00
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.370, 55.370, 66.946
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 odorant binding protein LUSH


分子量: 14215.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株: Oregon R / 組織: subset of trichoid olfactory sensilla / 遺伝子: lush / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O02372
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4000, MOPS, n-butanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1100 mMTris1droppH8.0
20.3 %(v/v)n-butanol1drop
3100 mMMOPS1reservoirpH6.5
430 %(w/v)PEG40001reservoir
50.3 %(v/v)n-butanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年5月23日 / 詳細: osmic blue optics
放射モノクロメーター: NONE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→40 Å / Num. all: 7504 / Num. obs: 7504 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 57.9
反射 シェル解像度: 2.04→2.11 Å / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 10.7 / Num. unique all: 728 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 112114
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OOF

1oof


解像度: 2.04→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / Isotropic thermal model: isotropic temperature factors / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24663 787 10.6 %RANDOM
Rwork0.19537 ---
all0.20083 6675 --
obs0.20083 6634 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.792 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å2-0.19 Å20 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数986 0 0 90 1076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0221010
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1721.9721357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.1973123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg16.32915204
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02756
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.3509
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.585
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3020.328
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3390.52
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8431.5623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.94921005
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.333387
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.7644.5352
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.271 103
Rwork0.215 478
obs-1054
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.247 / Rfactor Rwork: 0.195
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.172
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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